1993年2月，南通县工商业联合会更名通州市工商业联合会。1993年起，市工商联坚持“团结、帮助、引导、教育”方针，通过多种形式宣传党和政府发展民营经济方针政策，引导会员努力发展经济，促进社会全面和谐发展。开展对外联络工作，加强与市外工商社团（商会）联系交流。2004年，市总商会建立后，基层商会组织建设进一步完善，服务会员网络更加健全。2007年，市工商联被评为省工商联系统先进单位。至2009年6月，全市有86名非公有制经济代表人士、2380个会员进入省工商联会员数据库。

1992年末，全县有工商联会员454个。1993年4月29日，市商会成立，与市工商联合署办公，聘请名誉会长9人，特邀顾问3人。嗣后，市工商联（商会）着手调整组织结构、工作职能，会员主体从原工商业者调整为私营企业、个体工商户、“三胞”投资企业和部分乡镇企业，至年末吸收新会员411个。

1996年在先锋、张芝山、金余、唐洪、二窎、余西6个乡镇建立工商联（商会）办事处。1997年6月，小海镇第一个恢复工商联分会，成立江通商会，有会员100多个。1998年，中共通州市委发出《批转市委统战部、市工商联（商会）关于恢复建立乡镇商会的请示的通知》。至1999年末，49个乡镇全部恢复建立商会，100多名私营业主分别担任乡镇商会会长、副会长。12月28日，市首家行业商会——布艺商会成立。2000年6月，江通商会和布艺商会成为省工商联基层组织工作会议的参观点并作经验介绍。2001年、2006年，镇商会2次换届选举。

为加强对商会的归口管理指导和与海外工商社团的联系与交往，2004年7月，市委下发《关于加强商会建设的意见》；30日，市委、市政府召开全市商会工作会议，提出坚持“民办、公助、党领导”原则，创新商会组织结构、管理模式、组织功能和活动方式。随即市总商会成立，孙益源当选会长，聘请名誉会长5人，原市商会自行撤销。10月，通州首家异地商会——市总商会上海商会成立。至年末，经重新整合先后成立家用纺织品、纺织服装、服务业、机械、轻工化工、建筑房地产、电子电器和粮油等8家行业商会，发展会员812个，58名企业家担任会长、副会长。2008年、2009年分别成立船舶钢结构商会和浙江商会。至2009年6月，全市有行业商会9家、基层商会19家、异地商会2家，会员2760个，其中私营、股份制等企业2209个，外资及“三胞”投资企业171个，团体33个，个人347个。初步形成以总商会为中心，行业商会、基层商会、异地商会为依托的商会体系。

2003—2005年，布艺商会、川港镇商会、市粮油商会分别被评为省先进。2008年，川姜镇商会被评为省先进基层商会。

工商联（商会）第六届会员代表大会  1993年4月28日召开，140名代表出席。会议主题是：发挥职能优势，积极参与经济建设。会议选举产生执行委员33人。六届一次执委会选举沈立和为会长。

工商联（商会）第七届会员代表大会  1997年4月9日召开，150名代表出席。会议主题是：发挥优势，突出重点，积极发挥工商联作用。会议选举产生执行委员39人。七届一次执委会选举沈立和为会长。

工商联（商会）第八届会员代表大会  2001年11月28日召开，210名代表出席。会议主题是：奋发进取，求真务实，引导帮助全市个体私营经济再跃新台阶。会议选举产生执行委员59人。八届一次执委会选举孙益源为会长（2006年3月，孙益源辞去会长职务，张建石接任会长）。

工商联（总商会）第九届会员代表大会  2006年11月18日召开，240名代表出席。会议主题是：发挥商会优势，服务经济发展，为构建社会主义和谐社会作出积极贡献。会议选举产生执行委员81人。九届一次执委会选举张建石为工商联（总商会）会长（2008年7月张建石辞去会长职务，王沈康接任会长）。

参政议政  1993年—2009年6月，市工商联在市政协全会上围绕经济建设与社会发展等方面作专题发言13次。其中，2004年《凝心聚力，真抓实干，争创民营经济第一大市》被列为市政协十届二次会议1号提案，2005年《用科学发展观引领民营经济健康发展》中有关措施被市委、市政府采纳。工商联界政协委员在市政协会议上提交提案100多份。2002—2008年，市工商联提交的《市行政审批服务中心要真正为企业提供一切方便》《切实加强对私个企业的收费规范化管理》《转变机关工作作风，创造宽松发展环境》等提案，得到政府有关部门重视。2005年在市委九届八次全会上，市工商联（总商会）应邀作《加强行业联动，促进产业集聚》发言。基层商会也组织非公有制经济代表人士参政议政，至2009年6月，各镇商会提出建议和意见200多条。

1997年1月，市工商联深入基层调查研究，调查报告《解放思想，增进共识，促进民营经济快速增长》被列为市政协八届五次会议1号提案，并被市委、市政府主办的《通州情况》以增刊转发。1998年，市物价局采纳市工商联《关于阻止向私营企业乱收费的建议》，对30个企业试行“个体私营企业收费登记卡”制度。2005年，《通州市民营经济发展报告》一文入选《2005江苏省民营经济发展报告》。至2009年6月，市工商联（商会）会员共撰写调查报告30多篇。

政治推荐  1993年—2009年6月，市工商联先后推荐119名非公有制经济代表人士为市政协委员（其中常委8人），推荐南通市政协委员4人、省政协委员1人。会同市委组织部、统战部考察、推荐72名私营业主为人大代表候选人，其中省人大代表1人、南通市人大代表13人。2001年向市委组织部推荐市直部门副科级领导30人分别担任31个私营企业经济顾问；18名私营企业主在副科级领导岗位上挂职，其中6人担任市行政效能兼职监督员。2006年，市工商联（总商会）换届时，推荐非公有制经济代表人士1人担任会长、22人担任副会长。

宣传先进典型  1993年起，市工商联注重培育、推荐、宣传非公经济代表人士先进典型。1995年，市第三木材有限公司、南通俊杰生化工程有限公司进入省民营企业50强；1998年，南通丽馨实业有限公司杨惠松入选《中华优秀人物大典》（工商联卷）；2000年，在非公经济代表人士中组织开展“致富思源、富而思进”系列活动，5人被评为南通市先进。开展“物价、计量信得过企业”竞赛活动，17个企业首次获得市政府颁发的奖牌。2001年，14个企业被南通市政府评为百强私营企业，并被《江海晚报·非公经济专版》宣传。2001年、2004年分别开展吴俊、严季新、赵峰、张春华和孙益源、陆泽南、张建石等先进事迹演讲活动，营造“人人创造社会财富”氛围。2003年，江苏综艺集团、南通恒祥纺织服装有限公司、江苏南明集团分别被省工商联评为纳税大户、就业先进单位；昝圣达被授予社会主义建设贡献奖章；30个会员企业受到南通市政府表彰，8个会员企业主入选南通市民营企业家群英谱。2003—2008年，市工商联先后编辑出版反映通州民营经济的画册《笑傲商海》和《江海潮涌》，190多个会员企业入编。

1998年—2009年6月，根据全国工商联部署，每年开展上规模民营企业调研，通州有8个企业先后进入全国民营企业500强。其中，江苏综艺集团、南通四建集团有限公司、通州建总集团有限公司、南通新华建筑集团、江苏东源电器集团5个会员企业从2006年起，蝉联全国民营企业500强。2005年—2009年6月，在南通市中国特色社会主义建设者评比中，全市有16名民营企业家入选。2007年开展“企业家关爱职工、职工关爱企业”创建活动，推荐先进单位28个，其中省级2个。2007年—2009年6月，江苏大富豪啤酒有限公司、江苏星源房地产综合开发有限公司、江苏亚伦集团、南通四建集团有限公司、通州建总集团有限公司先后被评为省民营企业纳税大户，南通明德重工有限公司被评为省民营企业就业先进单位。

履行社会责任  1993年后，市工商联组织会员履行社会责任，先富帮后富，走共同富裕道路。2002—2005年开展民营企业家结对资助大学特困新生活动，先后有400名大学特困新生获得160万元资助。至2009年6月，市工商联会员企业及个人在阳光助学和为希望工程捐款等活动中捐资1000多万元；援助受灾地区，支持市重点工程建设、扶贫解困等捐款捐物2000多万元。其中，2008年，会员企业向四川汶川地震灾区捐款1000多万元。15个会员企业当选通州市2008年度慈善楷模。

1994年，市工商联根据全国工商联《关于大力推动光彩事业的意见》，发动会员企业以项目投资为载体，在中国西部和苏北地区投资，支持“老、少、边、穷”地区经济发展。到2009年6月，南通江海电容器有限公司、江苏中联科技集团、南通贵稀金属冶炼厂、南通东雁建材化工有限公司、南通欣德食品有限公司、江苏银河面粉有限公司分别在四川绵阳、内蒙古、甘肃张掖、新疆、苏北阜宁等地投资。

服务会员  1993—1996年，市工商联（商会）编印《工商经济信息》24期，为会员企业提供商品供求和合资合作等信息；先后组织20多个会员企业参加全国、省工商联组织的产品展销会，为企业引资170万元。1998年组织会员企业参加有关招聘会，使20多个企业招聘到急需人才。1999年编发《关于发展个体私营经济有关政策汇编》，与市技术监督局联合进行产品质量监督管理培训，20多个会员企业通过ISO9000系列国际质量标准体系认证。2000年针对私营企业用地难、贷款难、负担重等突出问题开展调研，形成《通州市个体私营经济运行情况简述》等调查报告，供市领导决策参考；会同市物价局抽查私营个体企业付费情况，查阅“私营企业付费登记卡”，遏制乱收费现象。2003年组织会员企业开展争创民营经济第一大市讨论和“我为发展民营经济献一计”活动，收到建议260条；会员企业新上项目150个，新增投资额超10亿元。会同市委办、市政府办等开展“故乡情”回访活动，促成企业家回乡投资兴办企业130个，投资额14亿元。2005—2008年组织纺织服装、机械、电子电器、轻工化工等行业商会，分别与上海市有关行业协会对接交流。2007年组织行业商会会长考察滨海新区；参与市政府组织“百名浙商看通州”活动，通过外地工商联（总商会）邀请到浙商130多人，21个项目达成合作意向，协议投资额近20亿元。2009年6月，市工商联（总商会）与市地税局联合建立通州市纳税人维权中心。

1993年—2009年6月，推荐、组织非公有制经济代表人士、企业主等200多人次参加南通市级以上培训。举办企业法制、税收管理风险防范、中小企业发展战略等讲座30多次，有2000多人次参加。2005年—2009年6月，与市委企业工委、中国人民大学联办工商企业管理MBA研究生课程班，55名企业家和企业高级管理人员参加学习；10名会员企业主参加市委党校大专学历教育。