1995年—2009年6月，九三学社通州市委员会（通州支社）（简称市九三学社）在南通、通州两级市人民代表大会、政协全体会议期间及会后，提出人大建议85件、政协提案574件；社员获科技进步奖44项、国家专利28项；发表（交流）学术论文255篇，出版科技专著6部、文学作品20多部（篇）。1999年，市九三学社被九三学社江苏省委评为省先进集体，2000年、2005年被九三学社中央评为全国先进基层组织，2006年被国际科学与和平周中国组委会、九三学社中央授予特别贡献奖。

1994年6月，九三学社江苏省委批准在通州市发展九三学社成员，建立基层组织。1995年8月，经中共南通市委统战部、九三学社南通市委与中共通州市委协商，发展首批12名九三学社社员，其中具有高级职称4人，政协委员8人（含副主席1人）。1995年9月1日，九三学社南通市委员会通州市支社成立，并选举产生第一届支社委员会，邱承贤当选主任委员。九三学社通州支社所需经费主要由市财政划拨，黄莺婚介所所缴的管理费作辅助。2001年7月20日，支社委员会换届，程翔当选第二届支社委员会主任委员。2002年，程翔调离通州市，季平接任主任委员。2003年起，九三学社通州支社活动经费列入市财政预算。2004年1月，黄莺婚介所与通州支社脱钩。

2004年9月3日，九三学社通州支社升格为九三学社通州市基层委员会，正科级建制，下设医疗卫生、农业经济、综合3个支社。同日，市九三学社召开社员大会，季平当选主任委员。2004年起先后制定《九三学社通州市委员会与社员所在单位及系统中共党组织的联系制度》等，以规范组织建设。

2008年8月，根据新修订的《九三学社章程》规定，九三学社通州市基层委员会更名为九三学社通州市委员会。2009年6月，市九三学社有社员49人。其中，南通市人大代表2人、政协委员4人，通州市人大代表3人（含常委）、政协委员15人（含副主席1人）；被聘为市检察院人民监督员1人、市效能监督员3人。

1995年—2009年6月，市九三学社社员提出人大建议85件、政协提案574件，内容涉及科技兴市、法治建设、农业结构调整、交通安全、社会治安、教育卫生、环境保护、预防未成年人犯罪、医药管理、发展民营经济等方面，其中江海堤防建设、治理标会、农民大病统筹、产业集聚、板块经济、科技创新、效能建设等方面提案被市委、市政府采纳并转化为决策内容。市九三学社66件集体提案中，11件被列为通州政协1号提案；全社提案被评为优秀提案35件，其中集体提案16件，3件提案分别被《通州日报》《通州情况》刊用。全社9件人大代表建议被评为通州市优秀建议，其中2005年《关于规范义务教育阶段“民办学校”的建议》被评为南通市人大优秀建议，且委托省人大代表在省人代会上提交，被列为省人大常委会主任督办建议；2009年的《效能建设的关键在于提高落实力》等4件提案被列为市政府、市政协领导重点督办提案。1998年《江苏九三》刊载的《一个充满朝气的基层支社》和2006年中共通州市委《要情快递》刊载的《九三学社通州市基层委员会参政议政11年，提案建议逾四百》分别介绍市九三学社参政议政情况。

2006年起，组织社员参与省以上九三学社举办的“九三论坛”，至2009年6月有4篇文章入选，其中3篇入选九三学社中央主办的“九三论坛”。

2007年，市九三学社承办九三学社南通市委“加强农村医疗卫生队伍建设，提高农村医疗卫生服务水平”课题调研，并作为南通市政协会议提案；2008年—2009年6月中标九三学社江苏省委“江苏东部沿海地区生态修复与探讨”等2个调研课题。2008年，九三学社江苏省委在省政协十届三次常委会上发言稿《关于加强江苏东部沿海生态建设的思考》采纳市九三学社的调查报告内容。

宣传教育  市九三学社组织社员学习时事政治、中共中央会议精神、《中华人民共和国宪法修正案》和《中共中央关于进一步加强中国共产党领导的多党合作和政治协商制度建设的意见》等。组织警示教育、演讲比赛、征文等活动，教育社员自觉接受中国共产党的领导，执行党的方针政策；协助中共地方组织加强执政能力建设；在本职岗位上创造更多成果。1997年6月召开“喜迎香港回归”座谈会。2005年举办庆祝建社10周年系列活动，向社员所在单位与系统的中共组织汇报情况，举行征文、参观考察、联欢会等活动。2006年—2009年6月开展“学习年”“社史教育年”、政治交接学习教育、纪念改革开放30周年等活动。

2007年8月开通“通州九三”“九三学社通州市委员会”两个网站，并与九三学社中央等多家网站链接。至2009年6月，市九三学社被新闻媒体采用稿件790多篇。

科学研究  1999年，市九三学社与市委组织部、市科委共同完成的《通州市干部队伍科技素质基本状况调查》在《通州情况》刊登。2003年，市九三学社的“通州市土地流转现状及发展趋势的研究”调研课题，被市科技局立项并下达科研经费。

学社社员在本职岗位上不断创造科研成果，至2009年6月，社员获科技进步奖44项，其中省级科技进步奖3项；获国家专利28项（花周建1人20项），发表（交流）学术论文255篇，出版科技专著6部，被评为通州市级以上科技拔尖人才12人次，被列为省、南通市科技带头人培养对象5人次。1997—1998年，市科技局林保庚参与的通州市“国家、省科技成果重点推广计划集中试验区”项目获省科技进步二等奖。1999年，市土肥站朱建桦参与研究的“腐植酸包裹型长效尿素中试工艺开发和农业应用示范”项目和省9803丰收计划“优化配方施肥统配统供技术推广”项目分别获南通市科技进步一等奖、农业部“丰收奖”二等奖。2001—2003年，于国成领导的市农科所被评为全国标兵科研单位；他主持选育的水稻新品B14被确定为国家优质二级稻米，抗病水稻新品种被省命名为“通育粳一号”。2003年，市农林局卞勋主持的市无公害农产品整体认定工作在南通六县（市）居第一。2004年，药监局季平主持的省级课题“妇女孕期尿碘水平与新生儿TSH和婴儿智能发育关系的研究”通过鉴定。2009年上半年，花周建完成国家行业标准《液压升降整体脚手架安全技术规程》编写工作。

服务社会与经济  1995年起，市九三学社每年组织农业技术战线社员送科技下乡，进行农作物新品推广、农业种植结构调整等方面技术辅导；组织医疗卫生战线社员开展义诊与咨询服务；组织社员义务献血，其中1人9次献血1800毫升。至2009年6月共为贫困地区、受灾地区、失学儿童捐款5.9万多元，慰问特困户、孤寡老人40多户（次），开展义诊20次；接待人民群众来访1900多人次；开展送科技下乡、科普宣传等活动60多次，发放科技资料1.7万份，为600多人次提供科技咨询；接受对伪劣药品的识别咨询等10多次。

2002年开展“我为九三争光彩，我为社会争贡献”主题活动。2003年11月召开争创民营经济第一大市座谈会，5名社员退休后仍为通州经济建设服务。2004年，市九三学社被省九三学社评为服务经济建设先进集体。2008年11月承办九三学社江苏省委第二十届“国际科学与和平周”活动。至2009年6月，有一半社员领办、创办或帮办过民营企业。