政协通州市第八届委员会设一室七委，即：政协办公室，学习委员会、提案委员会、文史资料委员会（下设办公室）、“三胞”联谊委员会、经济科技委员会、文教卫体委员会、社会法制委员会。经济科技委员会下设农业、工交、财贸、科技4个组。文教卫体委员会下设文体、教育、医卫3个组。

政协通州市第九届委员会设一处、三室、五委，即：政协秘书处，政协办公室、专门委员会办公室（一）、专门委员会办公室（二），提案委员会、学习文史委员会、社会法制文教卫体委员会、经济科技委员会、海外联络委员会。九届政协将学习委员会和文史资料委员会合并为学习文史委员会后，撤销文史资料办公室，建立市文史资料编辑部，为事业单位。1998年6月30日，海外联络委员会更名港澳台侨委员会。

政协通州市第十届委员会设一室七委，即：政协办公室（下设秘书科、联络科和综合科），提案委员会、学习文史委员会、文教卫体委员会、城乡建设社会法制委员会、人口资源环境委员会、经济科技委员会、港澳台侨委员会。另设市文史资料编辑部。2004年7月19日，市机构编制委员会同意市政协办公室增设老干部管理服务科，副科级建制。

政协通州市第十一届委员会设一室七委，即政协办公室（下设老干部管理服务科、秘书科、联络科和综合科），提案委员会、学习文史委员会、文教卫体委员会、城乡建设社会法制委员会、人口资源环境委员会、经济科技委员会、港澳台侨委员会。另设市文史资料编辑部。