1993年2月，中国人民政治协商会议江苏省南通县委员会更名中国人民政治协商会议江苏省通州市委员会。通州市政协沿用南通县政协届次序列。至2009年6月，共历近4届，每届任期5年。1993年—2009年6月，市政协共召开全体会议17次，收到提案4004件，立案3916件，召开常委会议79次、主席会议163次，专门委员会组织专题调研、视察540多次。