1992年末，南通县设32个乡、17个镇，均分别设立乡、镇人民政府。1993年9月—1996年末，先锋、北兴桥、正场、新联、平东先后撤乡设镇。2000年，通州市进行区划调整，49个乡镇撤并为1个乡、25个镇。2001年2月，竹行撤乡建镇；4月，观音山、小海、竹行3个镇划归南通市区。2007—2008年再次撤并部分镇。至2009年6月，全市设金沙、西亭、二甲、东社、三余、十总、骑岸、五甲、石港、四安、刘桥、平潮、平东、五接、兴仁、兴东、张芝山、先锋、川姜19个镇，各镇均设立人民政府。

乡镇人民政府设乡镇长1人，副乡镇长一般为3～5人，2001年起，合并新建的大镇为6～9人，均由乡镇人民代表大会选举产生。每届政府任期3年，2004年起改为任期5年。

1996年11月，乡镇党政机构改革。按照中央机构编制委员会办公室《关于对市、县及乡镇进行分类的通知》规定，各乡镇统一设置4个综合性办公室和2个专业性办公室，作为乡镇党委政府内部职能机构，即：党政办公室、财经办公室（挂财政所牌子）、社会事务办公室（挂社会治安综合治理办公室牌子）、乡（镇）村建设办公室、工业办公室（与乡镇管理站合署，挂三产办公室牌子）、农业办公室。各综合性办公室和专业性办公室主要承担乡镇党委、政府有关综合归口管理职责。此外，各乡镇人民政府设立监察室，与乡镇纪律检查委员会合署办公。2001年11月再次进行镇党政机构改革，各镇原6大办公室撤销，统一设置5个综合性办公室：党政办公室、财经办公室、科教文卫办公室、社会事务办公室、建设办公室；2个专业性办公室：工业与服务业发展办公室、农业办公室。