1992年末，县政府设有工作部门和直属单位46个：政府办公室、计划委员会、经济委员会、科学技术委员会、城乡建设委员会、经济体制改革委员会、对外经济贸易委员会、财贸办公室、公安局、司法局、劳动局、人事局、机构编制委员会办公室、监察局、民政局、财政局、税务局、审计局、物价局、统计局、工商行政管理局、商业局、粮食局、交通局、环境保护局、物资局、农业局、水利局、多种经营管理局、农业机械管理局、乡镇企业管理局、土地管理局、教育局、文化局、卫生局、广播电视局、体育运动委员会、计划生育委员会、法制局、侨务办公室、标准计量局、档案局、地方志编纂委员会办公室、信访局、经济技术协作委员会、外事办公室。行使行政管理职能的企业管理单位9个：纺织工业公司、机械冶金工业公司、化学医药工业公司、建材工业公司、一轻工业公司、二轻工业公司、电子仪表工业公司、建筑工程总公司（局）、供销合作总社。1993年2月，南通县撤销改设通州市，政府工作机构和人员编制未作变动。

1993年3月，市监察局与市纪委合署办公；成立市供销（集团）总公司，与供销合作总社实行两块牌子、一套班子的领导体制。12月组建市物资集团总公司，与物资局合署办公。1994年7月，外事办公室与接待办公室合署办公。9月撤销市税务局，分设通州市地方税务局和双重管理的通州市国家税务局。

1996年11月，市级党政机构改革。市城乡建设委员会更名为建设委员会。对外经济贸易委员会更名为对外经济贸易局。计划委员会与经济委员会合并，组建计划与经济委员会；经济体制改革委员会并入计划与经济委员会，并在计划与经济委员会挂牌；撤销经济技术协作委员会，其行政管理职能交计划与经济委员会。撤销财贸办公室、商业局，组建财经贸易委员会。组建社会保障局。撤销标准计量局，组建市技术监督局，列为市政府工作机构。撤销土地管理局，组建国土规划管理局。组建建筑工程管理局，列入市政府工作机构，建筑工程总公司转为经济实体。多种经营管理局并入农业局，在农业局挂牌。法制局与政府办公室合署。机构编制委员会办公室与人事局合署。政府侨务办公室和外事办公室并入市政府办公室，政府办公室挂“市政府外事侨务办公室”牌子。建设委员会挂“市城市管理局”牌子。财政局挂“市国有资产管理局”牌子。物资局成建制转为物资集团总公司，挂“市物资总会”牌子。建材工业公司改由建筑工程管理局管理，建筑工程管理局增挂“市建材行业管理办公室”牌子。撤销纺织工业公司，组建纺织丝绸工业公司。撤销机械冶金、电子仪表工业公司，组建机械电子工业公司。撤销化学医药、一轻、二轻工业公司，组建轻工化学工业公司。新组建的市纺织丝绸、机械电子、轻工化学工业公司分别挂市纺织丝绸、机械电子、轻工化学“行业管理办公室”牌子，行政管理职能交计划与经济委员会。信访局改由政府办公室管理，挂“市人民建议征集办公室”牌子，保留一级局建制。组建人民防空办公室，副科级建制，由政府办公室管理。组建市级机关事务管理局，为市委、市政府直属正科级事业单位。接待办公室改为市委、市政府直属正科级事业单位，与市级机关事务管理局合署。撤销滩涂开发利用办公室，组建农业资源开发局，为市政府直属正科级事业单位，由市政府授权行使行政管理职能。农业机械管理局改为市政府直属正科级事业单位，由市政府授权行使行政管理职能。档案局与档案馆合并，为市委、市政府直属副科级事业单位，由市委办公室管理。地方志办公室与市委党史工作办公室合署，由市委办公室管理。经过改革，市政府工作部门精简为34个，另设部门管理机构2个。

1997年7月，市地震办公室更名为市地震局，为市政府直属正科级事业单位，委托市科学技术委员会管理。11月调整外事侨务机构设置，分别改为市人民政府外事办公室、市人民政府侨务办公室，均与政府办合署。1998年2月，对外经济贸易局更名为对外经济贸易委员会。1999年6月—2000年2月，工商行政管理局、地税局、技术监督局由政府工作部门先后改为系统垂直管理。2001年2月，乡镇企业管理局和计划与经济委员会合署。3月撤销劳动局及社会保障局，建立劳动和社会保障局。7月成立行政审批服务中心。

2001年8月再次进行党政机构改革。计划与经济委员会更名为发展计划与经济委员会，旅游局并入发展计划与经济委员会，发展计划与经济委员会保留“市乡镇企业管理局”“市旅游局”牌子，增挂“市安全生产管理局”牌子。科学技术委员会更名为科学技术局。对外经济贸易委员会更名为对外贸易经济合作局。体育运动委员会更名为体育局，与教育局合署办公。国土规划管理局更名为国土资源局。建设委员会更名为建设局。农业局更名为农林局，原增挂的“市多种经营管理局”牌子撤销。原在计划经济委员会挂牌的经济体制改革委员会更名为经济体制改革委员会办公室。撤销财经贸易委员会，组建商业贸易局，挂“服务业发展局”牌子。城市管理局由原在建设委员会挂牌改为与建设局合署办公，增挂“市城市管理行政执法局”牌子。撤销财政局增挂的“市国有资产管理局”牌子。政府法制局更名为政府法制办公室，信访局、政府法制办公室与市政府办公室合署。政府办公室挂“市政府外事办公室”“市政府侨务办公室”牌子，撤销信访局原增挂的“人民建议征集办公室”牌子。原挂靠市委老干部局的市老龄委办公室，改为在民政局挂牌。建筑工程管理局、广播电视局由政府工作部门改为政府直属事业单位。人民防空办公室由原来的市政府部门管理机构改为市国防动员委员会的常设办事机构。经过改革，市政府工作部门调整为25个，不再设部门管理机构，设议事协调机构1个。

2002年7月，市网络管理中心更名为市信息化办公室，为市政府直属事业单位，正科级建制，挂靠市政府办公室。11月组建工业企业管理办公室、企业公有资产管理办公室，均为市政府直属正科级事业单位，挂靠发展计划与经济委员会。

2003年1月组建市招标投标管理中心，与行政审批服务中心“两块牌子、一套班子”。8月组建市中小企业发展局，为市政府直属正科级事业单位，乡镇企业管理局由在发展计划与经济委员会挂牌改为在中小企业发展局挂牌。11月，市文化局增挂“市新闻出版局（版权局）”牌子。2004年5月，市农林局增挂“市海洋与渔业局”牌子。

2005年1月，市国土资源局改为系统垂直管理。市科技局增挂“市知识产权局”牌子。3月，城市管理行政执法局由原在城市管理局挂牌调整为市政府直属正科级事业机构。8月，市计划生育委员会更名为市人口和计划生育委员会；撤销市发展计划与经济委员会和市经济体制改革办公室，改组为发展和改革委员会，挂“市经济贸易委员会”“市旅游局”牌子；安全生产监督管理局由原在发展计划与经济委员会挂牌调整为市政府工作部门；商业贸易局改组为服务业发展局，为市政府直属正科级事业机构；撤销市工业企业管理办公室。9月，市社会矛盾纠纷调处中心与信访局合署，正科级建制；市教育督导室确定为市政府直属正科级事业机构，挂靠市教育局。10月，市物资总会并入市服务业发展局。

2006年1月，市行政审批服务中心和市招标投标管理中心分设，均明确为市政府直属正科级事业单位。6月，中小企业发展局并入市发展和改革委员会，市发展和改革委员会增挂“市中小企业发展局”与“市乡镇企业管理局”牌子。12月，市广播电视局增挂“市新闻信息传播中心”牌子，撤销市招商服务中心。2007年2月组建市城区水环境建设管理处，为市政府直属正科级事业机构，挂靠市建设局。12月成立市政府投资项目工程建设中心，为市政府直属正科级事业单位，挂靠市建设局；市社会矛盾纠纷调处中心调整为市政府直属正科级事业单位，挂靠市司法局。2008年3月成立市职业教育局，为市政府直属副科级事业单位，挂靠市教育局。5月，市信息化办公室增挂“市政府网站管理中心”牌子。6月，市旅游局改为在市服务业发展局挂牌。

2008年末，市政府共设有24个工作部门：政府办公室（信访局、法制办公室与其合署办公，挂“市外事办公室”“市人民政府侨务办公室”牌子）、发展和改革委员会（挂“市经济贸易委员会”“市中小企业发展局”“市乡镇企业管理局”牌子）、教育局（体育局与其合署）、科学技术局（挂“市知识产权局”牌子）、公安局、监察局（与市纪委机关合署办公，不计机构个数）、民政局（挂“市老龄委办公室”牌子）、司法局、财政局、人事局（市机构编制委员会办公室与其合署办公并挂“市事业单位登记管理局”牌子）、劳动和社会保障局、建设局（城市管理局与其合署办公，挂“市规划管理局”牌子）、交通局、水利局、农林局（挂“市海洋与渔业局”牌子）、对外贸易经济合作局、文化局（挂“市新闻出版局〈版权局〉”牌子）、卫生局、人口和计划生育委员会、审计局、环境保护局、安全生产监督管理局、统计局、物价局、粮食局。1个市政府议事协调机构：市人民防空办公室。17个具有行政管理职能的直属事业机构：农业资源开发局、农业机械管理局、地震局、建筑工程管理局、广播电视局（挂“市新闻信息传播中心”牌子）、信息化办公室（挂靠市政府办公室，挂“市政府网站管理中心”牌子）、企业公有资产管理办公室（挂靠发改委）、城市管理执法局（与城市管理局一套班子、两块牌子）、服务业发展局（挂“市旅游局”牌子）、职业教育局（挂靠教育局）、教育督导室（挂靠教育局）、行政审批服务中心、招标投标管理中心、社会矛盾纠纷调处中心（挂靠司法局）、城区水环境建设管理处（挂靠建设局）、市政府投资项目工程建设中心（挂靠建设局）、市数字化城市管理监督指挥中心（挂靠城管局）。此外，另有3个市委、市政府直属单位：党史工作办公室（市地方志编纂委员会办公室与其合署，一套班子、两块牌子）、档案局（与档案馆一个机构、两块牌子）、市级机关事务管理局（接待办公室与其合署）。

区指导组  1992年末，全县共有金沙、余西、三余、十总、石港、刘桥、平潮、兴仁、通海9个区指导组，为县政府派出机构，负责指导各区行政工作。1996年3月，党政机构改革时，区指导组全部撤销。

通州经济开发区管理委员会  通州经济开发区（原名南通县城南开发区）创建于1992年6月，1993年2月建立开发区管理委员会，为市政府派出机构，代表市政府在开发区行使管理职能。管委会设有办公室、国土规划建设局、经济发展部、计划财务部、经济贸易发展局、劳动人事局、社会事业管理局等工作机构。1993年3月，市委、市政府决定赋予开发区管委会10项权限，分别为：内部机构设置权，干部管理权，规划、建设管理权，项目审批权，土地管理权，劳力管理权，农转非核准权，财务管理权，对进区新办企业征收有关规费的减免权及其他涉及开发区建设方面的组织、协调、处置权以及市委、市政府授予的特别权限。管委会主任初由副市长兼任，1997年7月由一名市委常委兼任，2001年5月设专职主任。

通州港区管理委员会  1995年6月成立，为市政府派出机构，与沿江沿海开发建设指挥部合署办公。港区管委会履行组织领导、制定规划、研究决策、协调服务、招商引资、开发建设、依法管理、检查督促职能。管委会设有办公室、国土规划建设局、经济贸易发展局。管委会主任初由副市长兼任，2002年设专职主任。同年12月，通州港区管委会与市外经贸局合署办公，一套班子，两块牌子。2008年6月，通州港区撤销。

苏通大桥科技产业园管理委员会  原名苏通大桥工业区管理委员会，2003年8月成立，2009年2月更名，为市政府派出机构，代表市政府在苏通大桥工业区行使管理职能，具体负责规划编制和实施、政策制定、招商引资和项目建设、协调与所在镇人民政府关系、干部管理和办理市委市政府交办的其他事项。管委会主任由副市长兼任，下设办公室、经贸发展部、规划建设部。

市港务办公室  2008年6月组建，为市委、市政府直属正科级派出机构，专职负责沿江、沿海岸线规划管理。

滨海新区管理委员会  原名滨海工业区管理委员会，2007年1月建，2009年4月更名。