1992年末，南通县人民政府共设委、办、局、社、公司、行65个。32个乡、17个镇分别设立乡镇人民政府。1993年2月，南通县撤销改设通州市，通州市人民政府届次沿用南通县人民政府届次序列，政府工作机构和人员编制未作变动。1996年11月和2001年8月，党政机构两次改革，政府工作机构大幅减少，至2008年末，市人民政府共设24个工作部门、1个议事协调机构、17个具有行政管理职能的直属事业机构。19个镇设立镇人民政府。

通州市人民政府实行组成人员全体会议、常务会议、市长办公会议和专题会议等会议制度，集体讨论、科学决定经济社会发展中的重大事项。1993年—2009年6月共召开组成人员全体会议25次、政府常务会议160次、市长办公会议310次、专题办公会议374次。