1992年12月—1993年3月，全县（市）32个乡、17个建制镇人民代表大会换届选举，共选出乡镇人大代表2990人。1993年2—3月，各乡镇先后召开新一届人民代表大会，选举产生乡镇人大主席团主席、副主席和正、副乡镇长。

1995年10月—1996年1月，全市乡镇人民代表大会换届选举，共选出乡镇人大代表2916人。1996年1月底前，各乡镇先后召开乡镇人民代表大会，选举产生新一届乡镇人民代表大会主席、副主席和正、副乡镇长。

1998年10月—1999年1月，全市乡镇人民代表大会换届选举，共选出乡镇人大代表2913人。1998年12月—1999年1月，各乡镇先后召开乡镇人民代表大会，选举产生新一届乡镇人民代表大会主席、副主席和正、副乡镇长。

2000年4—10月，全市乡镇行政区划调整，撤销41个乡镇，新设18个镇，调整后全市共有26个乡镇。2000年10—11月，新设立的18个镇进行人民代表大会代表选举，共选出镇人大代表1433人；11月下旬，各镇召开新一届人民代表大会，选举产生镇人民代表大会主席、副主席和正、副镇长。

2001年，观音山、小海、竹行3个镇划归南通市区。12月，除新建镇外，其余5个镇人民代表大会进行换届选举，共选出镇人大代表323人；2002年1月，各镇召开新一届人民代表大会，选举产生镇人民代表大会主席、副主席和正、副镇长。

2007年7—12月，全市20个镇人民代表大会换届选举，共选出镇人大代表1615人。12月下旬，各镇召开新一届人民代表大会，选举产生新一届镇人大主席、副主席和镇人民政府镇长、副镇长。

2004年之前，乡镇人民代表大会每届任期3年。2004年3月，执行《中华人民共和国宪法》规定，每届任期由3年改为5年。

全市各乡（镇）人民代表大会每年至少召开一次代表会议，主要议程是听取和审议乡（镇）人民政府工作报告，审查和决定行政区域内经济、文化事业和公共事业建设计划，审查和批准财政预算和预算执行情况的报告，听取和审议乡镇人大主席所作的工作报告等。

乡镇人民代表大会闭会期间，乡镇人大主席、副主席根据工作需要，组织代表开展活动。1993年—2009年6月，各乡镇人民代表大会在加强基层民主与法制建设、督促办理代表建议、批评和意见，组织市、乡镇人大换届选举，协助当地市人大代表活动，贯彻《村民委员会组织法》，组织视察“产权制度改革”、创建卫生城镇活动，评议乡镇“七所八站”工作等方面做了大量工作。