1993年2月，南通县人民代表大会更名通州市人民代表大会。通州市人大沿用南通县人大届次序列，至2009年6月，共历近4届，每届任期5年。1993年—2009年6月，市人民代表大会共召开17次会议，收到代表提出并列为大会议案16件，建议、批评和意见3069件。代表大会闭会期间，市人大常委会召开117次会议，作出决议、决定164项，听取并审议市人民政府、市人民法院、市人民检察院关于贯彻实施法律法规情况的报告43个和工作情况报告122个，对10多部法律法规实施情况进行执法检查；组织副市长、政府工作部门正职领导和“两院”工作人员述职评议150人次；依法任免市级国家机关工作人员899人次，罢免上一级人大代表3人；组织代表集中视察“一府两院”工作14次，专题视察200多次。