1992年末，南通县人民政府设工作部门和直属单位46个，具有行政管理职能的企业管理单位9个，与南通市有关部门双重管理的单位10个。全县49个乡镇分别设立乡、镇人民代表大会和乡、镇人民政府。1993年2月，南通县撤销改设通州市（县级），机构和人员编制不变，通州市人大、政府、政协的届次分别沿用南通县人大、政府、政协的届次序列。1996年和2001年党政机构两次改革，市政府机构数量大幅减少。2008年末，市人大、政协机关各设8个工作部门，市政府设24个工作部门和17个具有行政管理职能的直属事业机构。全市19个镇分别设有镇人民代表大会和镇人民政府。

1993年—2009年6月，市人大和市政协均历经近4届，各召开全体会议17次，收到人大代表10人以上联名提出议案480件，其中被列为大会议案16件，建议、批评和意见3069件；收到政协委员提案4004件，立案3916件。“两会”闭会期间，市人大常委会依法决定通州市行政区域内重大事项120项，依法监督“一府两院”（政府、法院、检察院）工作得到加强，依法罢免不合格的上一级人大代表3人。市政协组织委员专题调研、视察政府工作540多次，社情民意、交流联谊、文史资料工作进一步加强，逐步形成政协全委会议整体协商、常委会议专题协商、主席会议重点协商、专门委员会对口协商的通州各界人士协商议政格局。市人民政府贯彻执行市人民代表大会各次会议决议，吸纳市政协委员建言献策，推进机构改革，转换政府职能，转变工作作风，坚持依法行政，建设创新、规范、高效、廉洁服务型政府机关，全市国民经济和各项社会事业取得显著成就。2008年，全市实现地区生产总值391亿元、财政收入41.61亿元，与1992年相比，尽管由于行政区划调整市域总面积减少286平方公里，人口减少13万有余，仍然增长11.6倍和19.3倍。