1992年末，全县有少数民族19个，231人。1993年以后，随着通州经济社会快速发展，中国中西部地区婚嫁、经商或务工到通州的少数民族增多，迁入通州的少数民族人口逐渐增加。到2009年6月，全市登记在册的少数民族36个，1921人（含未识别民族2个，6人），以侗族、苗族居多，土家族、壮族次之。

帮扶少数民族贫困户  针对少数民族家庭大多生活贫困情况，市委统战部和民族宗教事务局一直把做好少数民族扶贫工作作为重点，动员市级机关、乡镇和宗教活动场所开展结对帮扶活动，采取落实扶贫资金、建立扶贫基地、介绍致富项目、帮助安排就业等多种措施，帮助少数民族家庭增加收入，到2008年，全市建立10个少数民族扶贫生产基地，发展数十户种植、养殖大户，全面完成少数民族家庭草危房改造。

2005年，市民族宗教事务局在全市开展少数民族小康户竞赛活动，鼓励少数民族艰苦创业、勤劳致富。11月，市第四次少数民族代表大会为首批22户少数民族小康户授牌。至2009年6月，全市共评出少数民族小康户223户。

少数民族代表人士政治安排  1993年—2009年6月，安排6名少数民族代表人士担任南通市人大代表和政协委员；15名少数民族代表人士担任通州市第十一、十二、十三、十四届人大代表；19名少数民族代表人士担任通州市第八、九、十、十一届政协委员。

1993年，通州仅有金沙南山寺、二甲香光寺、正场白衣庵、三余禹稷念佛堂、观音山太平寺和小海基督教活动点6处宗教活动场所，教职人员10人。到2009年6月，全市宗教活动场所增加到25处，教职人员82人，有佛教、道教、基督教、天主教四大教派，信教群众10万多人，以信仰佛教居多，基督教次之。市委统战部按照引导宗教与社会主义社会相适应的目标要求，做好宗教界人士工作，宣传宗教信仰自由政策，加强宗教界代表人士培养，保护信教群众合法权益。2002年，由市委统战部牵头，市民族宗教事务局、市委政法委、市民政局、文化局等15个部门负责人组成市委民族宗教工作领导小组，市委分管副书记任组长，负责协调处理民族宗教领域的有关重大问题。

1995年，市政府下发《宗教活动场所登记工作实施意见》，在全市实施宗教活动场所财务检查、安全检查和年检登记工作。1998年，开展文明宗教活动场所创建活动，香光寺、太平寺、圣光堂、白衣庵、广慧寺和金沙基督教堂先后被评为通州市文明宗教活动场所。2006年3月，南山寺南迁工程奠基，至2009年6月，基本形成一座气势恢弘、庄严雄伟的寺院群落，成为通州重要的宗教活动场所和对外交流窗口。

1999年，市委办、市政府办根据上级关于开展农村宗教突出问题专项治理的要求，联合下发《关于在全市开展查禁乱建庙宇工作的通知》，部署并实施对农村乱建寺庙专项治理。2003—2005年，由市委民族宗教工作领导小组牵头，市统战、宗教、公安、政法等多部门联合开展农村宗教“三乱”综合治理，集中清理农村私建小庙，取缔非法私设聚会点，查禁假僧假道乱做佛事道场。2004年7月，市委、市政府召开农村宗教工作会议，进一步推进农村宗教“三乱”治理工作。市委民族宗教工作领导小组同时出台《关于强化宗教工作责任管理的意见》，明确各镇、各部门责任管理、属地管理的工作职责，建立长效管理机制和责任追究制度，抵御利用宗教进行渗透活动，打击邪教组织，维护宗教领域稳定。