1993年以后，通州民营经济快速发展，非公有制经济代表人士迅速增多，经济领域统战工作重点逐步由原工商业者向非公有制经济代表人士转移。市委统战部坚持“团结、帮助、引导、教育”方针，做好非公经济代表人士工作。通过开展走访慰问、培训考察和“故乡情”联谊会等活动，加强联系和交往。每年邀请工商界和非公经济代表人士参加座谈会、茶话会，通报情况、征求意见，鼓励他们做大做强企业。重视做好非公经济代表人士队伍建设，先后安排百余名非公经济人士参加省或南通市举办的非公经济代表人士培训班。1996年，2名非公经济代表人士到中央党校学习。2006年，中国人民大学在通州联合举办民营企业家MBA研究生课程班，56名非公经济人士参加学习。

1993—2008年，每届人大、政协都安排数十名非公经济人士担任南通和通州“两级”人大代表和政协委员。其中，市政协十一届一次会议安排非公经济人士担任政协委员83人，占委员总数27.2%。2003年起，南通市开展优秀中国特色社会主义事业建设者评选活动，到2009年，通州先后有16名非公经济代表人士受到表彰。进入21世纪，市委、市政府先后出台一系列鼓励支持民营经济发展的优惠政策，激励近百名通州籍在外企业家回乡创业热情。其中，2002年有56名在外企业家回乡投资，总额近3亿元。

市委统战部、市工商联引导非公经济人士投身“光彩事业”，支持参与扶贫济困、阳光助学、救灾抢险等活动。1998年，全市非公有制企业支援长江、松花江流域抗洪救灾，捐款捐物近百万元。2002年起，市委在全市民营企业中开展“阳光助学”活动，每年组织近百名非公经济人士与家庭困难的大学新生结对资助。2003年，针对“非典”病毒侵袭，南通恒祥纺织服装有限公司一次捐助23万元支援抗击“非典”，成为通州诸多非公企业中捐助最多的典型。2006年1月，通州成立企业家扶贫济困基金会，首批69名非公经济人士参加，捐助金额200多万元。2008年，在支援四川汶川抗震救灾中，南通四建、通州建总和新华建筑公司等重点骨干企业捐助均超过100万元。

2004年7月，为提高民营企业组织程度，增强行业竞争能力，促进非公有制经济发展，市委下发《关于加强商会工作的意见》，就成立通州市总商会、组建行业商会、强化基层商会、成立异地商会提出指导性意见。同月起，先后成立通州市总商会和家用纺织品、纺织服装、建筑房地产、电子电器、轻工化工、服务业、机械、粮油行业商会。10月，成立首家异地商会——通州市总商会上海商会。2009年6月，全市共有行业商会8家、异地商会1家。