1993年，市纪委统一纪检监察信访举报办理程序，公布举报地点和电话号码。1994年，全市形成市、区、乡（市直机关、企事业单位）三级信访网络。1996年建立专题信访办公会制度，对重要信访集体把关。2002年在南通市首家开通通州廉政网，试行网上举报。2003年建立村级信访接待站，形成市、镇、村、组四级信访网络；试行信访举报免收邮资举措；推行信访责任承诺制度，制定信访举报工作暂行办法及实施细则。2004年举行8次听证会，解决5个疑难信访老户反映的问题。2005年建成市镇村组户五级网络体系，健全信访大格局工作机制，组织8次下访工作队、10次听证会，在大调解中心设立监察室，在企业改制、拆迁安置现场建立接待站，将行政效能监察引入大调解机制，及时受理大调解效能投诉，并通过告诫、通报、处分等形式规范信访调解。2006年出台《通州市纪检监察信访工作办事公开暂行办法》，对有关信访举报方面的法律法规、举报知识、领导接访日和纪检监察巡回下访相关事宜进行公开公示，增强信访工作透明度和群众参与度。全面推行领导干部下访工作制度，制定出台《关于在全市开展党政干部下访工作的实施意见》及相关督查办法。2008年开通廉政短信举报平台和“12388”统一举报电话。出台《通州市大接访工作责任追究办法》，对各级党政组织和机关工作人员在大接访工作中不履行或不正确履行职责行为的严格追究责任。2009年整合统一举报电话、手机短信举报、QQ网上举报、政风行风热线、网上举报信箱和公众监督平台等各类资源，搭建信息化的信访举报平台。建立出台信访监督信息工作长效机制，聘请专兼职信访监督员75人，设立近800个舆情信息采集点，形成多层次、全方位、畅通无阻的信访监督网络。1993年—2009年6月，市纪委共接到群众来信2.34万件，内容主要为检举控告、申诉及批评建议3个方面。在检举控告类信访中，反映贪污贿赂和违反财经纪律行为占多数。市纪委于2000年、2004年两次被省纪委、监察厅评为全省纪检监察信访举报工作先进单位。

1993年—2009年6月，全市共查处党员干部违纪违法案件2699件。其中，经济类案件963件，万元以上案件399件，百万元以上案件30件，挽回经济损失1.98亿元。查处党员干部2738人。其中，副科级以上185人，给予党纪处分2402人，政纪处分336人，移送司法机关处理146人。查处一系列有影响的大要案：2001年，查处市教育系统系列案件，21人受到党纪政纪处分，9人被移送司法机关处理，追缴违纪款346万元；查处市粮食系统串案，17人受到党纪政纪处分，追缴违纪款367万元。2003年查处市建设系统系列案件，16人受到党纪政纪处分，5人被移送司法机关处理，追缴违纪款568万元；查处市卫生系统串案，15人受到党纪政纪处分，9人被移送司法机关处理，追缴违纪款224万元；查处三余轧花厂等一批企业在改制中隐匿公有资产案件，29人受到党纪政纪处分，8人被移送司法机关处理，追缴违纪款830万元，挽回经济损失5640万元。2004年查处市广电系统窝案，13人受到党纪政纪处分，5人被移送司法机关处理，追缴违纪款248万元。2005年查处市商贸系统串案，15人受到党纪政纪处分，追缴违纪款258万元。2006年查处市审计局局长冯某收受贿赂、腐化堕落案件。2007年查处市农林局局长张某受贿案件，涉案金额60余万元；查处二甲镇1名副镇长违反财经纪律案件，涉案金额80余万元。2008年查处三余中学校长顾某受贿案，市邮政局局长徐某等人贪污、受贿、私分国有资产案，市开发区拆迁安置办公室主任单某受贿案等一批典型案件。2009年4月查处市文化局系列案件，涉案金额100余万元，追缴违纪款60余万元。在案件查处中，注重发挥办案综合效益，把查处和教育紧密结合，做到查处一个、教育一批，结合典型案例，先后在建工系统、建设系统、教育系统、卫生系统开展警示教育，剖析发案原因，帮助发案单位建章立制、堵塞漏洞；查处与促发展、保稳定相结合，在查处市如意面粉有限公司等一批企业经济案件中，市纪委将645万元追缴款返还企业用于解困。