1995年11月，中共通州市市级机关委员会改建为中共通州市市级机关工作委员会，领导市级机关党建工作，工委书记由市委组织部副部长兼任。1996年11月，市级机关工委与市委组织部合署。2008年末，工委下辖3个机关党委、9个党总支、113个党支部，共有党员2685人，其中，正式党员2656人、预备党员29人。

1993年—2009年6月，按照市委部署，市级机关工（党）委组织机关党员干部开展邓小平有中国特色社会主义理论、“三个代表”重要思想和科学发展观等党的基本理论和基本知识学习活动，学习中共十四、十五、十六、十七大会议精神和《中国共产党章程》，教育和引导机关党员干部树立科学世界观、人生观和价值观。

1994—1995年，组织开展“创业兴通州，奉献在岗位”“我为通州现代化建设争贡献、献一计”等活动，并对机关党建工作如何服从、服务于经济建设进行积极探索。2002年开展“人人创造社会财富、个个优化投资环境”系列活动，增强机关党员干部的服务意识、创业意识，为全市经济发展提供优质服务。2005年开展“发展民营经济大讨论”活动，为通州市经济跨越发展挖掘智慧和力量。

2003年组织机关党员干部学习现代科技、市场经济、法律法规、英语、计算机、WTO（世界贸易组织）等方面知识，适应经济社会快速发展需要。2004年起推进学习型机关建设，倡导“学习为本”“终身学习、终身教育”等新的学习理念，落实“学习日”、中心组学习、干部在职自学等一系列学习制度，培育学习型党支部、学习型科室等各类学习型组织，在市级机关营造人人皆学、时时能学、处处可学的学习条件和氛围。2005年组织机关党组织对2500多名党员分2批进行保持共产党员先进性教育。

2006年组织机关党组织开展以“八荣八耻”为主要内容的社会主义荣辱观和“学昆山”主题教育活动，与弘扬和实践新时期“通州城市精神”有机结合，在创新和实践中推进各项工作开展。

2008年—2009年6月组织机关党组织以“争创科学发展新优势，建设幸福美好新通州”为主题，开展深入学习实践科学发展观活动，取得一批重要的认识成果、实践成果和制度成果。

1993年—2009年6月，继续实行并逐步完善“三会一课”、党员目标管理、党员民主生活会、民主评议党员、党内监督、党建工作例会等制度，并列入半年和年终对支部工作检查考核重点内容，促进机关党的建设科学、规范、有效运行。实行工委对支部、支部对党员两级目标管理。按照《中国共产党章程》关于基层党组织的基本任务和党员标准，围绕市委年度重点工作目标，联系机关部门工作实际，每年修订一次工委对支部、支部对党员目标管理考评细则。机关各党组织进一步完善支部活动阵地硬件设施和软件台账资料，并根据形势和任务变化，对支部活动室内容及时更新和完善。工委每年对机关党支部活动阵地建设情况进行一次全面检查。组织两年一届的党支部统一换届选举，总结改进支部工作，优化支部班子结构。

1993—2001年，每2年举办1期入党积极分子培训班，共培训5期1400余人次。2002—2008年，组织368名入党积极分子参加市委组织部每年举办的拟发展对象培训班。1993—2008年，发展新党员650人，办理预备党员转正828人。

1999年出台《通州市市级机关贯彻〈中国共产党党和国家机关基层组织工作条例〉实施办法》，对市直机关党组织设置、职责任务、党员教育管理、党内监督和党务工作人员队伍建设作出具体规定，明确机关党支部开展党内监督的职责和重点，改变实际存在的机关支部监督职责不明、监督不力现象。2003年起根据市委组织部要求，开展党建工作“创新、创优”活动，并作为对支部目标管理考核重要内容。

2008年出台《关于进一步推进党务公开工作的意见》，进一步推进党内民主，加强党内监督，增强市级机关党务工作透明度，促进党务工作科学化、规范化、制度化。

1993—1996年开展学先进、赶先进活动，以孔繁森、吴天祥、徐虎、龚允冲等英雄模范人物先进事迹激励机关党员干部。

1993—2000年，按市纪委部署，先后组织机关党员参加党风廉政建设百题知识竞赛、党风政风条规知识竞赛，观看《红与黑的反思》《泰安大案》等录像教育片、反腐影片《生死抉择》及南通市编排的反腐倡廉文艺汇演等，以成克杰、胡长清等重大案例为反面教材，开展警示教育，增强党员干部拒腐防变能力。1995年3月修订《机关党员干部廉洁自律六项要求》，并以机关各口为单位进行反腐败专题党课教育10次。

1999—2003年组织开展以“优质服务、优良作风、优美环境”为主要内容，以人民群众满意为主要目标的“三优一满意”活动，营造争创文明单位、文明科室、文明窗口浓烈氛围，树立“廉洁、务实、文明、高效”机关形象。开展“优质办公服务环境”评比活动，引导机关党员干部进一步在解放思想、与时俱进上下功夫，在增强群众观念、提供优质服务上下功夫，在改进领导方式、工作方法上下功夫。开展“为农服务、致富百姓”“百千万救助帮扶工程”等主题活动，动员和组织机关党员干部为挂钩镇农村经济发展做好事、办实事，解决基层和群众反映强烈的突出问题，逐步形成“支持农业、服务农村、致富农民”良好氛围。

2001年9月，中共中央作出《关于加强和改进党的作风建设的决定》（简称《决定》）后，机关工委把加强机关作风建设作为贯彻“三个代表”重要思想、服务经济建设的重要措施列入机关党建工作重点内容之一，要求全面贯彻《决定》提出的“八个坚持，八个反对”，开拓进取、知难而进，关心群众、真抓实干，艰苦奋斗、拒腐防变，切实改进机关工作作风和服务质量。

2005年组织学习贯彻中共中央关于《建立健全教育、制度、监督并重的惩治和预防腐败体系实施纲要》，修订完善机关党风廉政建设各项制度，进一步规范领导干部从政行为，从源头上预防和治理腐败。

2008年开展“争创服务品牌”活动，机关各级党组织围绕“优化服务、提高效能、创新工作、完善制度、群众满意”5项标准，要求党员干部进一步改进服务方式、创新服务手段、优化服务措施，切实提高机关工作效率和服务水平。

2009年1—6月，结合学习实践科学发展观活动，在市级机关组织开展科学发展示范机关创建活动，动员市级机关各党组织以执政理念先进、服务优质高效、机制科学配套、全员能力提高、创新成果显著、党组织坚强有力为标准，带头转变思维方式、发展方式、管理方式、领导方式，提高科学决策力、行政执行力、社会公信力，使市级机关成为学习实践科学发展观的表率。针对国际国内经济形势变化，在市级机关启动“服务企业工程”，以“双联”（机关党组织联系企业党群组织，帮助企业应对危机促发展；机关党员联系企业职工，团结职工和衷共济渡难关）、“双争”（争当保增长先锋，争当促发展标兵）、“结对共建”（机关与非公企业党组织结对共建）等主题活动为载体，加强机关效能建设。