1992年末，全县共有党支部3037个、党总支部66个、基层党委88个。1993年后，开始在符合条件的私营企业中建党支部，在部分符合条件的村、社区建立党总支部。在机关和企事业单位，将符合建总支条件的党支部改建为党总支部、符合建党委条件的总支部改建为党委。2007年起，非公企业快速发展，企业党支部数量急剧增加。2008年3月，村（社区）区划调整结束后，各村普遍建立党总支部。至2008年末，全市共有党支部3176个、党总支部272个、基层党委59个。

1996年7月，全市98个先进基层党组织、89名优秀党务工作者受到市委表彰。2001年，在纪念建党80周年活动中，市委表彰100个先进基层党组织和100名优秀党务工作者。

1993年起，全市基层党组织紧紧围绕新时期党的建设总目标和全面达小康、迈向现代化中心任务开展工作。继续实行自上而下的党建工作三级目标管理责任制，建立市、乡镇、市直部门党员领导干部与基层党支部固定联系点制度。1997年，全市村党组织统一换届。此次换届，调整下来村党支部书记229人、支委1035人，均占总数三分之一以上，一大批懂工业经济和现代农业的专门人才进入村党支部领导班子。1998年，全市乡镇党委提前一年换届，使之与乡镇人大换届同步。此次换届，党委成员平均年龄40.2岁，比换届前下降3.5岁；大专以上学历占60.8%，比上届提高15个百分点。同年，在全市开展创建“六好”乡镇党委和“五好”村党组织活动；启动新一轮整顿后进村和经济薄弱村党支部工作，举办56个后进村和经济薄弱村党支部书记培训班，各乡镇党委从抓班子建设、定发展路子、建规章制度方面开展整顿工作。1999年出台《通州市“双建设”工程实施规则》，确定10个乡镇党委和16个村党支部为试点单位，激励各乡镇党委和村党支部努力争创“双建设”（农业现代化建设、农村基层组织建设）示范乡镇、村，同时开展争创实施农业现代化先进村党支部竞赛活动，有135个村党支部报名参赛。2001年5月在全市村党组织统一换届选举中，首次采取“两推一选”（党员推荐、群众推荐、党内选举）方式，让全体党员和村民充分行使民主权利。2003年在60个专业村开展创建“党建示范村”活动，并加强社区党建工作，52个社区党支部（党总支部）全部单独或联合建立活动室。2003年、2004年从应届大学毕业生中公开选拔46人担任“村官”。2004年6—7月在村党组织换届选举中实行“公推竞选”，新班子成员平均年龄比上届下降4岁，高中（中专）以上文化程度占比比上届提高20个百分点。2006年，全市23个镇党委全面换届选举，由党代表直选党委书记、副书记，部分镇党委副书记实行差额选举。各镇新当选党委委员198人，平均年龄39.8岁，比换届前下降2.5岁；大专以上学历占97.4%，比换届前提高11.6个百分点。镇党委副书记由换届前102人精简为62人。2008年3月，村（社区）区划调整结束后，224个村（社区）建立党总支部，占总数83%。

1993年5月，观音山镇党委、兴东镇黄金村党支部被中共江苏省委表彰为农村党建工作先进基层党组织。1996年，观音山镇党委被中共中央组织部授予先进基层党组织称号。

1994年起，通州市乡镇企业和市属企业纷纷实行股份制。根据这一新情况，1997年，市委组织部出台《关于加强股份制企业党的建设的意见》，就股份制企业党组织建立、职责、任务、领导班子配备等提出具体要求。2000年8月，随着企业产权制度改革的深化，市委下发《关于加强非公有制企业党建工作的意见（试行）》，指导非公有制企业党组织创新党建工作制度，规范组织活动，有效发挥作用。2003年派驻非公企业党建工作指导员389人，在非公企业党组织推行新“三会一课”（党员思想汇报谈心会、党员议事会、党政沟通会和技能课）制度。2005年从帮办企业人员、镇村干部、离退休人员中精选1015人担任全市村、企党建工作指导员，市建立党建工作指导员管理中心，负责宏观指导和检查督促。为进一步推进党建示范工程，命名23个农村党建工作示范点和16个非公有制企业党建工作示范点，启动石江公路、金通公路沿线非公企业“党建工作示范带”建设。2006年开展“双培双建”活动，把党员培养成岗位能手，把岗位能手中先进分子培养成党员，建强党的组织，建好党员队伍。2007年，非公企业党的工作覆盖率、暂不具备条件建立党组织的非公企业党建工作指导员选派率、规模以上非公企业党组织单独组建率均为100%。2008年开展“千名非公企业党组织书记进党校”活动，组织130名私营个体企业党组织书记在市委党校集中培训，同时，利用各镇（区）党校和企业党校等阵地，通过分级组织实施，系统培训私营个体企业党务干部1000多人。到2008年末，全市非公企业党组织总体组建率由年初的18.2%提高到64.1%。