1992年末，全县共有党组37个。1993年3月，市监察局与市纪委合署办公，党组撤销，同月设侨务办公室党组、工商联党组，5月建市经济技术开发区管理委员会党组，6月建团市委党组，9月建市体改委党组，11月建立建设银行党组。至年末共有党组42个。1994年7月撤销公安局党组建党委，9月建立市沿江沿海开发建设指挥部党组，撤销开发区管委会党组建工委。同月撤销税务局党组，分别设立国家税务局党组和地方税务局党组。1995年3月撤销城建委党组建党委。1996年撤销中国人民保险公司通州市支公司党组，分别建立中保财产保险有限公司通州市支公司党组和中保人寿保险有限公司通州市支公司党组；11月撤销计划委员会党组和经济委员会党组，组建市计划与经济委员会党组；体改委并入计划与经济委员会，党组撤销；侨务办公室并入政府办公室，党组撤销；撤销市财贸办公室党组和经济技术协作委员会党组，建立农业资源开发局党组和机关事务管理局党组；12月建立市信用合作联社党组、社会保障局党组和技术监督局党组。至年末，全市共设党组42个。1997年1月，市计划与经济委员会党组撤销建党委；6月建立中国银行通州市支行党组。1998年，5个银行党组和2个保险公司党组改为系统垂直领导，12月建立通州日报社党组。至年末，实有党组36个。1999年，国税局、地税局、工商局党组改为系统垂直领导。2001年2月撤销乡镇企业管理局党组；3月撤销劳动局党组和社会保障局党组，建立劳动和社会保障局党组；8月，体育局与教育局合署，体育局党组撤销；9月建立药品监督管理局党组。同年，沿江沿海开发建设指挥部不再存在，党组自然消失。2003年8月建立市招商服务中心党组和中小企业发展局党组。2004年8月撤销通州日报社党组，建立市新闻信息传播中心党组；12月建立残疾人联合会党组。2005年8—9月，先后建立市安全生产监督局党组和市盐务管理局党组。2006年1月撤销信用联社党组建党委；6月，中小企业发展局改在发改委挂牌，党组撤销；12月，市新闻信息传播中心整体并入市广播电视局（台），市招商服务中心被撤销，减少党组2个。2008年1月建红十字会党组。年末，通州市设立党组的国家机关、人民团体及其他组织共32个：市人大常委会、市人民政府、政协通州市委员会、市人民法院、市人民检察院、市政府办公室、市级机关事务管理局、科学技术局、民政局、司法局、财政局、人事局、劳动和社会保障局、人口和计划生育委员会、审计局、环境保护局、安全生产监督局、统计局、物价局、广播电视局、农业资源开发局、总工会、共青团通州市委员会、市妇女联合会、科学技术协会、工商业联合会、残疾人联合会、红十字会、国土资源局、盐务管理局、南通市通州质量技术监督局、南通市通州食品药品监督管理局。另有由条线垂直领导的党组5个：中国人民银行通州市支行、中国人民财产保险股份有限公司通州支公司、市国家税务局、市地方税务局、南通市通州工商行政管理局党组。