1992年末，中共南通县纪律检查委员会内设5个室：办公室、控告申诉室、纪律检查室、案件审理室和研究室。1993年2月，更名中共通州市纪律检查委员会。3月，市纪委与市监察局合署，全体人员混编8个室：办公室、信访室（含市行政监察举报中心）、纪检监察一室、纪检监察二室、案件审理室、执法监察室、教育研究室、党风廉政建设室（市纠正行业不正之风领导小组办公室、市惩治腐败廉政建设领导小组办公室）。2001年6月增设市行政效能监察中心投诉受理办公室，2002年7月增设干部管理室。2008年9月在乡镇设立4个派驻纪检监察室，对未设纪检监察组织、未派驻纪检组长的部门、单位及掌握一定资源的非常设机构，设立派驻第五纪检监察室。2009年6月完成市级机关纪检监察资源重组，共设立4个派驻纪检监察室。6月底，市纪委设书记1人、副书记2人，内设10个职能室，9个派驻纪检监察工作室。

1992年末，全县49个乡镇，纺织工业公司、建工局、粮食局、物资局、教育局5个县直属单位和县纺织厂、丝绸印染厂、南通化肥厂、海洋渔业公司4个县属企业建有纪律检查委员会（简称纪委）。1993年，企业纪委增加到7个，1个市直属单位、2个事业单位建立纪检组。1997年，市直属单位纪检组织增加到33个（派驻机构10个，内设机构23个），企事业单位纪检组织增至15个。2000年以后，随着行政区划调整和机关机构撤并，纪检组织数量常有变化。2003年4月，对32个市直机关纪检组织实行派驻统一管理。2006年，市直单位纪检组织增加到70个（派驻机构36个、内设机构34个），镇纪委23个，企事业单位纪检组织13个。2009年6月，全市19个建制镇，16个市直部门（市教育局、卫生局、文化局、公安局、农林局、水利局、农机局、发改委、交通局、外经局、建设局、建管局、粮食局、服务业发展局、供销合作总社、行政审批中心），6个垂直管理单位（工商银行、农业银行、信用联社、邮政局、电信局、供电公司），8个市属企事业单位（市人民医院、中医院、通州高级中学、平潮高级中学、西亭高级中学、通州建总集团公司、南通四建集团公司、大富豪啤酒有限公司）均设有纪委。另有16个市直部门和市法院、检察院，6个垂直管理单位设纪检组。市级机关工委、通州经济开发区、苏通大桥科技产业园、通州滨海新区设立纪工委。

1993年，市纪委与市监察局合署后，乡镇不再配备监察干部，由乡镇纪委兼职行使行政监察职能；市直机关及企事业单位纪委、监察科（室）参照市纪委、市监察局合署方式合署办公。1995年7月，各乡镇人民政府设立监察室，与乡镇纪委合署办公。