1992年末，全县共有党支部3037个。1993年后，在各种不同性质的企业中继续调整、完善党组织设置，至2000年末，全市共有党支部2917个。2001年，因行政村（居）合并和南通市行政区划调整，党支部数大幅减少，年末，全市共有党支部1968个。2002年，首次在台资企业——南通金发皮革里衬有限公司成立党支部。2003年组建48个社区党支部。2007—2008年，非公企业快速发展，企业党支部数量急剧增加。2008年末，全市共有党支部3176个，分布在机关252个、事业单位367个、企业1957个、村（社区）44个、其他单位556个。

1992年末，全县共有党总支部66个。1993年后，在部分符合条件的村建立党总支部，在机关和企事业单位中，将部分符合条件的党支部升格为党总支部，部分党总支部升格为党委。2000年4月，首家非公有制企业党总支部在金乐乡江苏家宝集团成立，至年末，全市共有党总支部98个。2001年行政村合并和行政区划调整后，全市党总支部减至73个。2003年在4个社区建立党总支部。2008年3月，村（社区）区划调整结束后，各村普遍建立党总支部。年末，全市共有党总支部272个，分布在企业25个、事业单位11个、机关9个、村（社区）224个、其他单位3个。

1992年末，全县有基层党委88个。1993—1995年，文化局、公安局、城建委党总支改建为党委，在丝绸集团总公司、八一集团公司、通盟集团公司建立党委，同时撤销八一印染厂党委、八一染织厂党委。1996年3月建印染色织总厂党委。11—12月党政机构改革，将经济主管部门中原8大公司党委（总支）撤并为纺织丝绸、机械电子、轻工化学、建材4个工业公司党委；撤销多管局和商业局党委，建立财经贸委党委和建筑总公司党委。1997—1999年，建立通州市中学党委，计经委党组改建为党委；建立电信局党委、邮政局党委、机械冶金资产营运有限公司党委，通星油嘴有限公司和钢丝绳有限公司2个企业党总支改建为党委；撤销邮电局和建筑材料工业公司党委，南通市第二水泥厂党委因企业破产而撤销；建立平潮中学党委和首家非公有制企业党委——南通江通集团公司党委。2000年，49个乡镇撤并为26个，减少23个乡镇党委。2001年，南通市行政区划调整，通州市划出3个乡镇党委、6个企业党委和国营南通农场、市良种场党委。2001—2005年，建立市行政审批中心党委、西亭中学党委，中医院党总支改建党委，撤销纺织丝绸、机械电子、机电冶金资产营运有限公司和物资集团总公司党委，春晓集团、通州棉纺织厂2个企业破产，党委撤销。2006年，市信用合作联社党组改建为党委。2007年，刘桥镇、新联镇合并组建新刘桥镇，三余镇、北兴桥镇、海晏镇合并组建新三余镇，镇党委减少3个。2008年撤销川港镇、姜灶镇，组建川姜镇，镇党委减少1个；成立私营个体经济组织党委。至2008年末，全市共有基层党委59个。其中，镇党委19个；市直部门（单位）党委16个：市教育局、卫生局、文化局、公安局、农林局、水利局、农机局、发改委、交通局、外经局、建设局、建管局、服务业发展局、供销合作总社、行政审批中心、粮食局党委；机关党委3个：法院机关、国税局机关、地税局机关党委；学校、医院党委5个：通州高级中学、西亭高级中学、平潮高级中学、市人民医院、市中医院党委；企业党委15个：南通通星油嘴有限公司、南通新华建筑集团有限公司、南通化肥厂、南通丽思化工有限公司、南通江海电容器股份有限公司、江苏综艺集团、江苏大富豪纺织有限公司、南通四建集团、通州建总集团、通州市供电公司、通州市邮政局、中国电信股份有限公司通州分公司、南通汽运集团通州分公司、江苏大富豪啤酒有限公司、通州市农村信用合作联社党委；其他党委1个：私营个体经济组织党委。另有由条线垂直领导的党委3个：中国工商银行股份有限公司通州支行、中国建设银行股份有限公司通州支行、中国农业银行通州市支行党委。