1992年末，县委设办公室、组织部、宣传部、统一战线工作部、农村工作部、政法委员会6个工作部门，研究室、老干部局、县直机关委员会、对台工作办公室、保密委员会办公室5个直属单位，党史工作委员会、南通大众报社、县委党校3个直属事业单位。

1993年9月成立市接待办公室，为市委、市人大、市政府、市政协接待工作职能部门。1995年1月，南通大众报社改称通州日报社；11月，撤销市级机关委员会，建立市级机关工作委员会。1996年，市级党政机构改革，市委研究室、市委保密委员会办公室（市国家保密局）并入市委办公室，市级机关工作委员会与组织部合署，台湾工作办公室（市政府台湾事务办公室）与统一战线工作部合署，市委政法委员会挂“市社会治安综合治理委员会办公室”牌子，市委农村工作部挂“市农村经济委员会”和“市政府农村集体资产管理办公室”牌子。市委直属事业单位中，党史工作委员会更名为党史工作办公室，市地方志编纂委员会办公室与其合署，为市委、市政府直属正科级事业单位；市档案局与档案馆合并，一个机构两块牌子，为市委、市政府直属副科级事业单位；组建市级机关事务管理局，为市委、市政府直属正科级事业单位；市接待办公室改为市委、市政府直属正科级事业单位，与市级机关事务管理局合署。

2001年3月成立610办公室。8月，市级党政机构改革，市委宣传部挂“市精神文明建设指导委员会办公室”牌子；市机构编制委员会办公室列入市委工作机构序列，挂“市事业单位登记管理局”牌子，与市人事局合署；市委农村工作部更名为市委农村工作办公室，挂“市人民政府农村工作办公室”牌子。

2002年4月成立市新闻中心，为副科级全民事业单位。2003年8月组建通州市招商服务中心，为市委、市政府直属正科级全民事业单位。2004年8月撤销通州日报社，成立通州市新闻信息传播中心，为市委直属正科级全民事业单位，委托市委宣传部管理，市新闻中心整建制并入市新闻信息传播中心。2006年12月，市新闻信息传播中心整体并入市广播电视局（台），撤销通州市招商服务中心。

2006年7月，市依法治市领导小组办公室改为常设机构，设在市委政法委员会。2008年1月，市委组织部增挂“市委新经济新社会组织工作委员会”牌子。

2009年6月底，市委设工作部门6个：市委办公室（挂“市委研究室”“市委保密委员会办公室”〈市国家保密工作局〉牌子）、市委组织部（市委市级机关工作委员会、市委企业工作委员会、市委新经济新社会组织工作委员会与其合署）、市委宣传部（挂“市精神文明建设指导委员会办公室”牌子）、市委统一战线工作部（市民族宗教事务局与其合署）、市委政法委员会（市社会治安综合治理委员会办公室、市依法治市领导小组办公室与其合署）、市委农村工作办公室（挂“市人民政府农村工作办公室”牌子），另有市机构编制委员会办公室（挂“市事业单位登记管理局”牌子）与市人事局合署，不计机构个数；部门管理机构2个：市委台湾工作办公室（挂“市人民政府台湾事务办公室”牌子）、市委老干部局；市委直属事业单位2个：市委610办公室、市委党校（与市行政学校一个机构两块牌子）。此外，还有市委、市政府直属事业单位3个：市委党史工作办公室（市地方志编纂委员会办公室与其合署，一套班子两块牌子）、市档案局（与档案馆一个机构两块牌子）、市级机关事务管理局（接待办公室与其合署）。

1992年末，全县设金沙、余西、三余、十总、石港、刘桥、平潮、兴仁、通海9个区党的工作委员会，分别负责指导相关区的党务工作。之后，随着乡镇职能的加强，区一级职能逐渐弱化。1996年3月，党政机构改革，区级机构全部撤销。

1994年9月撤销开发区党组，建立中共江苏省通州经济开发区工作委员会。1995年6月建立中共通州港区工作委员会。2003年8月建立中共苏通大桥工业区工作委员会。2007年1月成立通州滨海工业区管委会，同时建立中共通州滨海工业区工作委员会。2008年6月撤销通州港区，组建通州市港务办公室，为市委、市政府正科级派出机构。2009年2月，苏通大桥工业区更名为苏通大桥科技产业园，通州滨海工业区更名为通州滨海新区。6月底，市委派出机构有开发区、苏通大桥科技产业园、滨海新区3个党工委和1个港务办公室。