1993年起，中共通州市委员会以邓小平理论、“三个代表”重要思想为指导，全面落实科学发展观，深化经济体制改革，实施市场化、信息化、国际化、城镇化、知识化“五大战略”，推进农业、工业、所有制、城乡和财政收支“五大结构调整”，发展老百姓经济、增长点经济、特色化经济、劳动力经济、桥头堡经济“五类经济”，打造“诚信通州”“法治通州”“崇学通州”“绿色通州”“数字通州”五张名片，以项目建设为统领，实施民营经济、招商引资、农民增收和环境建设等重点工作，加快社会主义新农村建设，全市三个文明建设呈现又好又快发展局面。至2008年，通州市连续八届跻身全国县域经济基本竞争力百强县（市）行列，相继建成国家卫生城市和国家环保模范城市，先后被评为全国科技工作（进步）、群众文化、体育、社会治安综合治理先进县（市）。

在推进经济社会快速发展的同时，党的建设进一步加强。先后开展“双思”（致富思源、富而思进）及“两创”（争先创优、争先创新）、“三讲”（讲学习、讲政治、讲正气）和“三个代表”重要思想学习教育、保持共产党员先进性教育等主题教育活动，在农村党员干部中广泛开展“双学双创”（乡村学华西、农村干部学吴仁宝，创先进基层党组织、创全面小康新业绩）活动，党的思想作风建设和党员干部队伍、党的基层组织建设全面加强。1999年，通州市被中共江苏省委表彰为党建工作先进县（市）。2008年末，全市共有基层党组织3507个。其中，基层党委59个，党（总）支部3448个，党员5.95万人。