1993年—2001年，由于法律法规的欠缺，药品监管领域处于责任不明的局面。2001年2月，《中华人民共和国药品管理法》修订颁布后，市卫生、药监部门共同加大对药品质量管理的力度，严厉打击制、售假劣药品、无证生产经营药品及超范围经营药品等违法违纪行为，规范药品市场秩序。当年10月至12月，对各级、各类药品经营、使用单位的药品质量状况进行全面检查，共查处案件35起，没收假劣药品76种次，价值2.2万元，没收违法所得6.9万余元。

2002年，市药监局按照省药监局部署的“正源行动”，集中力量整顿农村药品市场，对全市68个药品零售企业、20个经营保健品的商店进行执法检查，纠正和查处药店、保健品店无证经营及擅自更改注册范围等违法行为；依法打击无证、超范围生产、经营药品、医疗器械和制售假劣药品、医疗器械的犯罪案件。全年共出动执法人员7300余人次，检查单位2330余家次，查处案件209起，没收假劣药品、医疗器械3400余批次，维护药品市场秩序。

2003年，市委办、市政府办发出《关于进一步加强农村基层药品监督管理工作的意见》，市药监局会同卫生、物价、公安等部门共同开展为期2个月的农村基层药品专项整治活动，重点检查全市村卫生室、个体诊所、厂校医务室的药品质量、依法行医和价格执行情况，共检查相关涉药单位490个，其中村卫生室435个，个体诊所28个，厂校医务室27个，检查覆盖率89.1%，基本摸清农村基层医疗用药情况，对在药品管理中存在问题比较突出的69个单位分别发出限期整改通知。当年广东、北京等地发生传染性非典型肺炎后，市药监局配合市计经委等部门先后从外地调进1万支体温计、3万只口罩，满足防治工作需要；同时会同工商、物价、卫生、质监、计经、公安等部门开展联合执法行动，共出动执法人员420人次，检查相关单位183个，立案52起，没收假劣及违规经营的药品、医疗器械48种次、12.58万元。

2004年4月23日—10月22日，全市组织开展“正源行动保健康”的药品监督执法检查活动，共出动执法人员1174人次，检查单位435个，立案33件，查处不合格药品27种次、不合格医疗器械4种次，查处无证经营涉案药品1213种次、涉案医疗器械204种次，合计案值53.99万元，没收物品标值48.39万元，没收违法所得20.02万元，取缔无证单位6个。

2005年，市药监局通过组织“3·15”药品安全专项整治活动，开展10项专项检查，检查频次由2004年的2.25人次/家提高到3.32人次/家，查办假冒吗丁啉、纳米银抗菌器、邮售假药“复方川羚定喘胶囊”等一批案件。3月5日，在市垃圾填埋场集中销毁过去两年中依法没收的假药56种次、劣药40种次、不合格医疗器械8种次及其他不符合规定的药械1100多种次，总价值88.24万元。

2008年，市公安、药监部门联手成功捣毁横跨苏、皖两省八市、县的涉嫌生产、销售假人血白蛋白、人用狂犬疫苗的地下网络，该案被公安部、省公安厅列为挂牌督办大案，列为省药品打假十大案件之一。抓获24名犯罪分子分别被判处死缓、无期徒刑、有期徒刑等刑事处罚。

2009年1—6月，市药监部门继续保持打假治劣的高压态势，共出动稽查执法人员807人次，检查单位292家次，立案52起，结案54起，涉案物品货值82.65万元，并向公安移送一起涉嫌刑事案件，有效地震慑了违法犯罪活动。

2003年4月，市政府召开创建诚信药业动员大会，涉药单位代表近千人参加会议，市政府与各镇政府和有关部门签订创建责任书。各镇相继成立药监工作领导小组，强化对药监工作和创建诚信药业活动的行政推动。

诚信药业创建活动，按照“遵纪守法、崇学上进、质量保证、价格公道、服务优良”（即5个A）的创建标准和“统一标准、自愿申报、单位自评、部门（镇政府）初评、民主测评、专家考评、领导组审定”的评比原则，采取自评、测评、考评相结合的办法，对照考核标准，每一项得分在9分以上的为1A，五项考核项目得分均在9分以上的为信级5A单位。被评为5A的单位，由市政府授牌；被评为3A、4A的，由市药监工作领导组发给证书；被评为1A、2A的，录入其信级档案；未参评或参评未达信级等次以及被一票否决的，列为重点监管对象。奖牌实行动态管理，合格的授牌，违规的摘牌，并在媒体公示。

2003年4月—2009年6月，全市共有800余家涉药单位参评，参评率近90%。有188个涉药单位被评为3A以上等级，其中5A级单位24个，4A级单位45个。7个单位因违法违规被摘牌。通州市诚信药业创建活动，被南通市文明委命名为第二批人民满意服务品牌，并被推荐参评江苏省第二批优质服务品牌。省内外有20多个县市的相关行业应用了这一做法，《中国医药报》等媒体曾进行专题报道。

2002年，市卫生局将麻醉药品、精神药品、毒性药品等特殊药品管理工作移交市药监局。当年，按照《南通市医疗机构麻醉药品管理暂行规定》精神，完成对全市53个医疗单位麻醉药品印鉴卡的审核发放；对二类精神药品经营企业材料进行初审、初验，有9个企业通过南通市的验收，取得二类精神药品经营资格。2003年，市药监局创新特殊药品监管手段，与卫生局联合对全市103名具有麻醉药品处方权医生进行强制性法规培训，实行准入制和年度审核制；组织麻醉药品管理法规培训，调整麻醉药品经营体制，开展麻醉药品及二类精神药品专项检查，督促各麻醉药品使用单位落实专用仓储设施及管理制度，确保使用安全。2004年，全市52个有麻醉药品专用卡的医疗机构建立专用档案，23个医疗单位已不对肿瘤病人使用杜冷丁注射剂，肿瘤病人使用杜冷丁总数比上年下降35%。2005年8月，根据国务院颁布的《麻醉药品和精神药品管理条例》精神，市药监局将医疗机构所需的麻醉药品和第一类精神药品移交市卫生局审批管理。

1993年—2001年11月，开办零售药店需经药品生产经营主管部门审查同意，发给药品经营许可证；同级卫生行政部门审核批准，发给药品经营合格证；然后在当地工商部门领取营业执照。2001年12月1日实施的《中华人民共和国药品管理法》规定，开办药店需要所在地县级以上药监部门批准并发给药品经营许可证，工商行政管理部门凭药品经营许可证给予办理登记注册。据此，市药监局制定2003—2005年度零售药店设置规划，设置立项申请受理窗口，对办店条件、人员资质等的初审严格把关，鼓励连锁企业向乡村延伸布点，扶持规范企业做大做强。2002年，共受理开办零售药店申请308个，初审上报39个，有24个通过南通市药监局批准并取得药品经营许可证。2003年，通州仁寿连锁公司在南通地区率先通过省级GSP认证。2004—2005年，先后新设零售药店55个和65个，并100%通过南通市组织的GSP认证检查。至2009年6月底，全市共有零售药店324个（包括通州仁寿连锁门店99个），平均每万人有零售药店2.55个。

2001年12月1日，新修订的《中华人民共和国药品管理法》规定，药品广告的监督管理机关是工商行政管理部门；同时规定，药品广告必须是企业所在地省、自治区、直辖市的药监部门批准，市、县药监部门负责对违法药品广告进行监测，监测到违法广告移送工商行政部门查处。据此，市药监局专门设置1名药品广告监测员，添置必要的监测设备，并牵头组织工商、广电等单位加强药品广告管理工作。2003年，共监测出违法药品广告25个，移送工商行政部门查处6个，移送外地药监部门处理1个，纠正内容2个，其余责令停止发布。同年，发出《关于进一步规范药品广告发布工作的通知》，要求媒体发布的药品广告中出现通州辖区内药品经营企业名称的，药品经营企业需核对广告的合法手续及广告内容，并留存药品广告审查表复印件备查。2004年，监测到“天地通”“干净利诺”等两个违法广告，涉及市内4个零售药店，责令停止发布。2005—2006年，共监测违法广告34个，移送工商行政部门查处7个。2007年，向通州电视台发出违法广告提醒函12件，向《通州大众》发出违法广告提醒函1件，移送工商行政部门查处违法药品广告12个，违法保健品食品广告6个。2008年5月14—21日，开展代号为“飓风”的药品、保健食品、医疗器械广告大检查，共出动执法人员578人次，检查药品零售企业284个，药品批发企业6个，对12个药品零售企业店堂内的违法药品广告立即予以撤除，移送工商行政部门查处1起。2009年上半年，开展代号为“飓风2009”药品广告专项整治行动，责令停登6个违法药品广告。

2003年，市药监局开始对药品从业人员、医疗机构负责人及相关工作人员进行培训，逐步加大药品不良反映监测工作力度，当年共搜集市人民医院、市中医院、南通鑫鑫医药药材有限公司3个单位药品不良反应54例。2004年3月，根据国家食品药品监督管理局与卫生部发布的《药品不良反应报告和监测管理办法》，药品不良反应监测工作开始向零售药店和基层医院延伸，全年共有20个单位参与，共上报药品不良反应146例。2005年，药品不良反应工作由集中上报改为集中上报与单位在线上报相结合，共有54个单位参与上报，其中医疗机构40个，药品经营企业14个；全年上报药品不良反应681例。2008年，全年上报药品不良反应1100例。2009年1—6月，注重新的和严重的药品不良反应的搜集，共上报药品不良反应300例，

2000年4月，国务院发布《医疗器械监督管理条例》，规定县级以上地方人民政府药品监督管理部门负责辖区内医疗器械监督管理工作。2001年10月，市药监局成立后，推进全市医疗器械质量规范认证工作。2002年9月，南通地区唯一生产一次性使用无菌输液器产品的企业——通灵卫生器材有限公司，通过国家药监局的检查验收。随后，江苏金陵海洋生物制品有限公司、通州市申通科仪器材有限公司，相继通过创伤愈可贴及鼓风干燥箱、超净工作台、电热恒温培养箱等产品的注册验收工作。当年12月1—25日，市药监局组织对全市57家医疗器械生产、经营、使用单位进行监督检查。12月20日，在石港镇九圩港河边现场监督江苏白兰集团销毁一批价值126万余元的过期可溶性止血纱布。

2002年，根据国家药监局统一部署，开展医疗器械专项执法检查活动，出动执法人员462人次，检查医疗器械生产、经营单位7个、医疗单位59个、村卫生室86个，发现违法线索29起，立案20起。检查中还发现医疗单位医疗器械重复使用，一次性无菌注射器、一次性使用注射器、输液器没有及时毁形和销毁等问题普遍存在。为此，市药监局又开展一次性使用注射器、输液器专项检查，共组织三轮次送法下乡活动，对全市9个市级医疗单位和44个乡镇卫生院进行拉网式检查，对86个村卫生室使用医疗器械情况进行抽查，发现违法线索29起，立案20起，没收违法销售、使用的医疗器械计值3.2万余元。

2003年，开展2轮次对厂校卫生所（医务室）、村卫生室、个体诊所、零售药店、计生用品商店、保健品店等监督执法检查；发出《关于加强纱布口罩生产监督管理的紧急通知》，对经营、使用防护服、口罩、消毒剂等物资的企业进行多部门联合执法检查，保证“非典”期间医疗器械的供应。

2004年，市药监局加大对大要案的查处力度，对成某无证经营麻醉机及4个卫生院从无证单位购进麻醉机系列案件进行立案查处，涉案金额11.6万元。10月，查获某中心医院使用无医疗器械产品注册证“史赛克”腹腔镜系统一案，案值40余万元。

2005年，全市各医疗器械生产企业自觉向药监局递交《关于响应医疗器械生产企业诚信倡议活动的报告》，签订承诺书。同年，市药监局根据省药监局规定，对全市医疗器械生产企业不良行为进行登记管理，对发生不良行为被追究法律责任以及一年内被登记两次不良行为的企业发出告诫书，对多次发生不良行为的企业予以公示。

2006—2007年，开展医疗机构医疗器械质量规范化管理工作，45个镇以上医疗机构全部通过南通药监局的达标检查验收。2008年，对生产二、三类医疗器械的企业，分别进行4次以上的检查。并对发往四川地震灾区的医疗器械生产企业进行特殊监管，在第一时间对企业的生产全过程进行监督，对生产的每一台器械、每一份的检测报告书严格核对，确保产品质量。