1993年—2001年9月，市卫生部门依据国家有关药品管理的方针、政策、法令、法规，对药品质量进行监督、管理。2001年10月，成立南通市通州药品监督管理局（以下简称“市药监局”），具体负责本行政区域内药品（包括中药材、中药片、中成药、化学原料及其制剂、抗生素、生化药品、生物制品、诊断药品、放射性药品、毒性药品、精神药品、医疗器械、卫生材料、医药包装材料等）的研究、生产、流通、使用进行行政监督和技术监督。市药监局为加强药品市场的日常监管，先后开展“正源行动”“正源行动在农村”“正源行动保健康”“3·15”药品安全专项检查等一系列活动。至2008年末，共出动药品执法人员1.66万人次，检查单位5322家次；共立案查处550余起，没收假劣及违法经营的药品、医疗器械8658批次，没收物品价值400多万元，对假劣药品和医疗器械进行集中销毁。

1993—2004年，对食品的监督管理，主要由质监、工商部门分别负责，在食品的生产和流通环节进行监管，重点是依法查处伪劣食品，以维护消费者权益。2005年后，各级政府对食品安全问题特别重视，列入为群众办实事的一项重要工作，由一把手亲自动手，认真规划，全面发动，狠抓从生产、加工、流通到消费全过程食品安全的薄弱环节，层层建立和完善食品安全监管网络，不断开创食品安全工作的新局面。2008年12月，通州市被省食品药品安全委员会授予全省首批“食品安全示范县（市）”称号。