1994年，全市有下属单位的机关事业单位按照市“三定”要求建立22个内审机构，共完成审计项目145个，纠正违纪金额257万元，促进增收节支127万元；查处经济案件1起，追回赃款2万元。1996年，全市内审部门共完成审计项目184个，查处违纪金额67万元，收缴财政32万元，查出损失浪费412万元。1997年，内部审计共完成项目325个，查出损失浪费870万元，促进增收节支1277万元。2000年，内部审计由原有的20个专兼职审计机构增加到23个，完成审计项目939个，查出违纪金额2354万元，移送案件6件，移送纪检司法部门处理16人。2001年，共完成审计项目648个，查出违纪金额2721万元，移送纪检监察司法部门经济案件21件39人。2003—2004年，共完成729个审计项目，查出损失浪费981万元，增收节支548万元，移送案件线索2件。2005—2008年，在逐步完善内部审计制度的基础上共完成审计项目2908个，查出损失浪费1472万元，增加效益3040万元。

1993年，各乡镇设立审计办公室，对辖区内的乡镇办、村办企业进行审计。1993—1994年共审计920个单位，纠正违纪金额40万元，审计核减利润310万元。1995年，市政府制定《通州市乡镇审计暂行办法》《通州市乡镇审计暂行办法的实施意见》，在乡镇成立直接隶属乡镇政府的审计办公室，独立行使审计监督权。1996—1997年，完成乡镇审计项目1715个，查出损失浪费1822万元，移送贪污贿赂案件3起。1998年，制定《乡镇审计操作规程》。1999年起，乡镇审计以村级财务审计为重点，解决村级财务中的遗留问题。2006年，制定对乡镇和部门审计指导的“一人一周一项目”的挂钩联系制度，每人联系一个镇，指导、完善内审机构各项制度，并对内部审计人员进行业务培训。2007年，市委、市政府将镇审计工作列入对镇目标考核内容，市纪律检查委员会、市委组织部、宣传部、市审计局等7部门联合印发《通州市镇属行政、企事业单位、村（居）主要负责人任期经济责任审计制度》，按照镇规模的大小，配齐配强专业审计人员，制订一系列镇内审工作目标考核奖惩制度。至2009年6月底，共完成审计项目9356个，纠正违纪金额13.57亿元。