财税审计  1993年、1994年、1997年，先后对十总、川港、骑岸、三余等镇进行审计，并对财政部门重点审计预算批复、预算收支平衡，共查补收入498万元。1998年开展的“同级审”，共查补收入541万元，查补税款229万元。1999年，对市财政局、地税局、地方金库实施审计，调增预算内收入630万元，预算外收入33万元，平衡预算基金570万元。2000年“同级审”，共查增财政收入249万元，调增预算结余50万元。2001年，查增财政收入244万元，同时对公、检、法、建委等12个部门和二甲、三余等4个镇进行延伸审计。2002年，扩大审计覆盖面，对姜灶等8个镇进行2001年度财政决算审计，查出补交税金34万元，调增预算内外收入826万元。2003年“同级审”，调增收入497万元；并首次开展部门预算执行情况审计，查出截留收入和漏缴税金235万元。2004年“同级审”，共查出违规金额1101万元，管理不规范金额6135万元。2005年“同级审”，突出教育、农业、科技重点资金检查，抓住公安、粮食、国土等5个重点单位的部门预算审计，并实施检查上年度本级预算执行审计中有关审计决定和意见落实情况，共查出违规金额2218万元，管理不规范金额1.24亿元。2006—2008年，在对财政、地税、地方金库3个预算执行主要部门进行审计的同时，开展对民政、水利、农业等重点单位的部门预算延伸审计，促使有关被审计单位上缴财政各项资金640.37万元，纠正归还原渠道的预算资金1437.17万元，规范预算外管理资金927.67万元，纠正账外固定资产资金980.99万元，揭示了预算收支管理、固定资产投资、新农村五件实事工程资金管理等14个问题。

金融审计  1993年，对中行、建行、信托投资公司及城市信用社4个金融机构进行审计，提出3条审计建议，促使收回逾期贷款1774万元。1996年，对中国农业银行通州市支行等5个金融企业实施审计。1998年，按照上级统一部署，对苏州吴县市农业发展银行和粮食系统新增财务挂账等进行清查审计。同时完成对商业银行的审计任务，查出1998年度少计收入225万元，少计支出501万元，查补税款69万元。此后因企业改制，没有对金融业进行审计。

1993—1994年，对12个政府部门、35个企业进行审计，审计资金总额9.55亿元，查出违规违纪金额810万元。1997年，对25个企业实施财务收支审计，共查出各类违纪金额1839万元，增加财政收入121万元；当年完成16个企业审计，查出违规金额2374万元，增加财政收入57万元。2000年，先后对14个企业进行审计，查出违规金额1385万元。2004年，由市审计局、财政局联合组成7个小组，对2003年度通州市50强企业的税源以及纳税情况进行审计调查。此后没有对企业进行审计或审计调查。

1998年，首次开展对49个乡镇主要负责人1996年1月—1998年6月任期内经济责任考察审计。从2000年开始，采取点面结合的办法开始对领导干部进行经济责任审计，建立领导干部经济责任审计联席会议制度，并逐步完善各项规章制度。2005年，制定《通州市领导干部经济责任审计暂行办法》，实现由部门领导干部经济责任审计向乡镇领导干部经济责任审计拓展，由领导干部离任审计向领导干部任中审计拓展。2006年，为探索领导干部经济责任审计新路子、打造审计精品，对8名党政领导干部的经济责任审计情况进行公告。2007年，加大对党政一把手的审计力度，对23个领导干部进行经济责任审计，同时加大对基层（村）干部经济责任审计工作的检查和指导力度。2008年，建立联合进点制度、试行网上经济责任审计问卷调查制度，探索科学的经济责任审计评价体系，完成经济责任审计项目29个。1998—2008年，全市共对84名领导干部进行经济责任审计。

1993—1996年，先后对电力建设基金、房改基金、普教经费、水利经费等19项专项资金进行审计，查出违纪金额14万元，分别向有关部门提出审计意见。1997年，对教育经费、交通建设基金、农村养老保险基金等进行专项审计，查出违纪金额168万元，增加财政收入29万元。1998—1999年，先后对计划外生育费和养老、失业、医疗等7项保障基金进行专项审计，发现企业职工养老保险基金收支倒挂且呈上升趋势，向有关部门提出保障领域拓展上实施两个延伸，缴费比例上实施两个方向调整等审计建议。2001年，对市国土局预算外资金专项审计，发现未将土地出让收入、政府专项资金、预算外资金、代征代管等大额资金上缴财政或纳入财政专户管理。市国土局对违纪违规问题按审计意见纠正到位，其中上缴财政521万元，其余按规定纳入财政专户管理。2004—2005年，对农业综合开发、双低油菜和秸秆养羊、市属公有资产、土地出让金、农村公路资金等专项资金进行审计，对部分镇的不合理支出及资金管理欠规范等问题提出审计建议。2007—2008年，先后对农村实施的5件实事（通达工程、农民教育培训、农民健康、环境整治、文化）、五项基金（社保、环保、教育、住房公积金、医保）以及抗震救灾资金分别进行专项审计，对其中不规范资金142.09万元提出审计意见。2009年上半年，在对农民健康工程专项资金审计中，发现参加合作医疗总人数与实际缴费人员不一致、记录不真实以及重复结报等问题，及时向市社会保障部门提出审计建议。

在全面开展基本建设开工前审计的同时，对投资多、影响大的基础性、社会公益性重点项目进行立项审计，审计投资额和核减率呈逐年上升的趋势，并逐步完善各项规章制度，2005年，制定《通州市关于进一步加强工程建设项目竣工决（结）算监督的规定》《通州市审计局政府公共工程审计操作规程（试行）》，使过去工程审计与执行国家审计署6号令脱节局面得到改变，使政府公共工程审计无论在程序还是质量上都得到进一步规范和提高。