1993年—2009年6月，审计工作从贯彻“全面审计、突出重点”的工作方针入手，加大对重点领域、重点部门和重点资金的审计力度，在全市范围内开展财政金融审计、行政企事业单位审计、领导干部经济责任审计、固定资产投资审计及审计调查等，共完成各类审计项目821个，查出违规金额5.63亿元，上缴财政7302万元。同时，坚持不断创新的原则，审计信息化建设走在全国县级审计机关的前列，自行开发的《审计助手》软件取得国家版权局核发的计算机软件著作权登记证书，2004年获南通市科技进步奖，2005年被审计署指定为援助西藏审计机关的唯一审计软件。2006年4月2日，国家审计署署长李金华到通州视察，题写了“忠诚、创新、效能”的通州审计精神。2008—2009年，市审计局开发的《AO2008辅助工具》《审计项目管理系统》软件，分别取得国家版权证书。