1993年起，特种设备安全监察、特种设备检测检验由市锅炉压力容器检验所和市劳动安全卫生检测站分别负责实施。1997年，组织实施“注册安全主任”制度。1998—2000年，实行安全生产目标保证书制度，每年都进行安全生产目标责任制考核，对特种作业人员进行培训考核，安全生产形势基本稳定，各类设备的检测检验率基本达到规定要求。

2001年，开展“土锅炉”专项整治，查封、拆除各类“土锅炉”近百台。2002年，开展特种设备普查登记专项活动，全市共有在册锅炉431台，压力容器1150台，特种设备（含电梯、起重机械、厂内机动车辆、游艺机和游乐设施）566台，另有未注册登记的各类特种设备813台，第一次基本摸清全市特种设备的使用安全状况，并建立锅炉压力容器特种设备登记管理系统数据库，安全监察工作的规范化和信息化管理水平得到全面提升。

2003年，市质监局、建设局、安监局、工商局联合发布《关于开展气瓶普查整治工作的通告》，组织开展气瓶普查整治，气瓶产权转移（普查整治）工作得到国家质量监督检验检疫总局高度评价，被称为“南通模式”。省质监局在南通召开气瓶普查整治现场会议，通州华洋液化气有限公司被定为观摩点之一。当年，国家《特种设备安全监察条例》和《江苏省特种设备安全监察条例》施行后，市安委会成员单位和各镇分管安全生产的领导，各特种设备制造、安装、检验、使用单位的负责人和设备（安全）科长参加《条例》培训，累计有3200人次接受《条例》教育。2004年，开展压力管道专项普查整治工作，出动普查人员580人次，普查整治单位330家，普查登记压力管道总长度达180公里，其中公用管道67.8公里，工业管道112.2公里，查出严重以上事故隐患13处。

2005年，开展气瓶普查整治“回头看”和起重机械安全、特种设备安装维修改造安全质量专项整顿活动，建立特种设备安全协管网络，聘请23个镇的安全生产助理和10个部门相关业务科室负责人担任特种设备安全监督员。

2006年，对全市23个镇103台浴室锅炉进行检查，开展特种设备制造业和82个固定回转式起重机和简易升降机使用单位专项整治检查验收，共发现事故隐患155处，其中140多处在当年得到整改。2007年，发放各类宣传资料1500余份，完成《特种设备安全责任主体告知》736个单位，注册登记使用特种设备404台、气瓶2.81万只；出动检查人员265人次，检查特种设备使用单位168个，检查特种设备469台，发现事故隐患128处，查封特种设备12台，向政府报告重大事故隐患1处，发出特种设备安全监察指令书35份，责令限期改正43个单位，实施行政处罚15件，移交稽查处理案件5件。

2008年，聘请21名协管员对所在辖区的特种设备安全隐患进行排查，办理特种设备案件64件；对35个钢丝绳企业，65个船舶钢结构企业进行检查梳理并完善台账；开展气瓶“两站”整治工作，邀请省安全生产专家讲解气瓶检验与充装的知识；组织安全生产百日督查，办理特种设备开工告知445份计802台次，注册登记1181台次。

2009年上半年，开展对全市特种设备的隐患排查和治理：对化工企业进行摸底调查特种设备的注册登记情况及作业人员的持证情况，完善工作台账；完成冶金铸造起重机械专项整治；对全市21个气瓶充装单位和2个检验单位进行重点安全检查。