20世纪90年代，经过几次机构改革，质量技术监督职能，由分散趋向集中。2000年2月，质量技术监督系统实行省以下垂直管理，全市计量、标准化、质量监督、生产许可证管理、特种设备安全监察、劳动安全卫生检测、锅炉压力容器检验、气瓶检验等职能，都由南通市通州质量技术监督局承担。至2009年6月底，市质监部门按照《中华人民共和国产品质量法》《中华人民共和国计量法》《中华人民共和国标准化法》和国务院颁布的《质量振兴纲要》《特种设备安全监察条例》等法律法规，先后开展了一系列质量技术监督管理工作：加强产品标准化管理，进行农业标准化示范，实施食品市场准入制度、QS认证标志和食品企业分等级监管；抓好计量器具制造管理，企业计量保证、合格确认；开展创名牌、质量体系认证，3C产品管理和无证产品查处；完成土锅炉专项整治，压力容器和管道专项普查整治，起重机械和特种设备安装维修改造整顿，以及查大案、端窝点和各类专项打假整治活动。2002年度，通州质量技术监督局获“江苏省质量技术监督系统先进集体”称号；2005—2006年度，获“江苏省文明行业”称号。2007年度，获“江苏省产品质量和食品安全专项整治行动先进单位”称号。