1993年，市工商局建立企业名称库，将企业档案信息输入微机，规范企业登记管理，提高办事效率。全年新注册内资企业2032个，有483个企业拓宽经营范围，314个企业调整生产项目，546个企业设立分支机构。年末，全市共有1.21万个企业，注册资本27.88亿元。

1994年，以实施《中华人民共和国公司法》为契机，推行企业登记制度改革，由审批登记制逐步向依法独立注册过渡，弱化前置审批，实行“一审一核”制，全市依法独立登记注册企业910个。1996年，按照企业经营制度改革的需要，市工商局成立改制企业登记工作领导小组，组成改制企业登记办公室，并分片派员定企业，分组承包定指标，到乡镇到企业现场办公。当年，共办理改制企业变更登记1147个。

2000年，市工商局下发《支持企业改革，完善改制企业登记注册工作的若干意见》，继续抓好企业公司制改造工作。全年新组建企业集团1个，对23个国有、市属、乡镇企业进行公司制改革，并为133个公有股权流转和公有资产撤出企业办理变更手续。2001年，成立市行政审批服务中心后，制定简化企业登记注册手续的27条措施，使企业登记注册更加方便、快捷。同时，制定《股份合作制企业规范登记实施意见》，帮助自然人控股的股份合作制企业、集体企业进行改制。

2005年，开展创建“文明窗口”活动，提供标准化服务，9月，市工商局登记注册科被团省委命名为省级“青年文明号”。是年，经过多轮改制，工商企业（公有）总数及注册资本总额明显减少。年末共有2679个工商企业，注册资本23.52亿元。与2000年相比，工商企业总数减少3007户，注册资本总额减少12.84亿元。

2006—2008年，未有公有企业注册登记。

1993年，放宽对从业人员对象、经营范围、经营方式和注册资金审批，简化程序，由工商所直接核发个体临时执照。全年共办理个体工商户、私营企业开业、变更手续4186份。

1994年，市工商局出台扶持个体私营经济发展的优惠政策措施，全市形成南片以绣品、提包、织品工艺为主，东片以沙发、不锈钢制品为主，北片以电珠、养殖业为主，西片以鞋服、冷作五金为主的生产经营格局。全市“一村一品”“一组一品”的专业村（组）已发展到300多个。

1998年，市委下发《关于进一步加快发展个体私营经济的意见》，要求为发展个体私营经济创造宽松的政策环境，实现“三放开、三不限”（放开从业人员、放开经营范围、放开经营方式，发展速度不限、发展规模不限、发展领域不限），鼓励个体私营企业抓住国有集体企业改革、改组、改造的有利时机，购买、租赁、兼并、承包国有集体企业，使个体私营经济涉及各个产业领域。年末，全市个体工商户从事一、二、三产业的户数分别占总户的0.8%、28.4%和70.8%。

2000年，《中华人民共和国个人独资企业法》颁布施行，通州市综艺玩具厂成为全市第一家个人独资企业。市工商局简化办照手续，缩短办照周期，将个体工商户登记管理权下放到基层工商所，由工商所提供一站式服务，直接受理、审查、核发个体营业执照，私营企业由市局直接受理申请、审核发照。

2004—2005年，市委、市政府提出“争创全省民营经济第一大市（县）”目标。市工商局推行导办制、核准员制、先行承诺制等工作制度，开设流动注册窗口，对创业者实施标准化服务，促进私营个体经济实现跨越式发展。2005年末，全市有私营企业1.21万户，从业人员17.34万人，注册资金139.46亿元，比2000年分别增长592%、548%和1299%；个体工商户5.29万户，从业人员6.73万人，注册资金20.23亿元，比2000年分别增长93%、29%和549%。

2006年，根据经济形势发展，市工商局创新推行“经济户口监管员责任制”服务监管模式，南通市工商局在通州召开现场会，推广这一做法。

2007年7月，《中华人民共和国农民专业合作社法》颁布实施后，石港三黄鸡专业合作社成为全市第一个依法登记注册的农民专业合作社。至年末，全市共新办农民专业合作社52家，申报注册资本2320万元。

2008年，全球金融危机爆发，全市中小企业普遍受到不同程度的冲击。市工商局贯彻省局下发的《关于贯彻落实科学发展观，支持企业又好又快地发展的意见》，进一步创新服务举措，改进服务手段，大力扶持、促进中小企业发展，及时办理农村小额贷款公司登记和股权出资登记手续，拓宽企业融资渠道，增强企业发展动力。通州市东升农村小额贷款有限公司成为南通地区首先设立的农村小额贷款试点公司。是年，全市还办理股权出资登记3个，融资总额4.48亿元。

2008年9月1日起，根据国家发改委、财政部、国家工商总局关于停征个体工商户管理费、集贸市场管理费的文件精神，在全市范围内统一停止征收“两费”。

1993年，市工商局履行外商投资企业初审权，全年初审上报名称登记143个，开业、变更登记113个。主动参与外资投资项目评估，加强出资率督促检查，促进全市外商投资企业健康有序发展。至年末，全市登记外商投资企业209个，其中中外合资企业194个、中外合作企业9个、外商独资企业6个，投资总额2.63亿美元，合同利用外资7039.6万美元。

1995年，全市新注册外资企业55个，比上年增长60%；投资总额1.08亿美元，比上年增长4.96倍；注册资本6456.87万美元，比上年增长3.79倍。外资企业总数居南通市各县（市）之首。

2002年，市工商局对外承诺：外商投资企业的设立、变更、名称核准初审材料上报南通工商局审批时间分别为3、2、1个工作日，加快外资企业办照速度。2004—2005年，新注册外商投资企业201个，其中中外合资企业56个、中外合作企业2个、外商独资企业143个。

2007年，市工商局制定出资提醒催缴制度、前置审批许可证件提交催缴制度、分类监管制度、外商投资企业年检初审制度、外资登记行政指导服务制度、重大项目报备制度、属地监管制度、注吊销企业核查督办制度等8项制度，设计出《外资企业登记设立台账》《外资企业出资管理台账》《外资企业年检台账》《外资企业案件查处台账》等4本台账，保证外资企业登记监管工作规范高效运作。

2008年，制定通州工商行政管理局重大项目跟踪制度，开展“项目建设实地调研”活动，引导通州经济开发区、苏通大桥工业区、滨海工业区和19个镇的招商引资方向，加大项目帮扶力度。通过开展调研活动，促成项目建成21个，其中规模以上项目5个。