1993年—2009年6月，物价管理主要抓好宏观调控、价格改革、价格监管和价格服务四个方面的工作，逐步建立以市场形成价格为主的价格运行机制和宏观间接调控为主的价格管理体系，物价管理部门职能也由单纯的价格行政管理向价格调控、管理、监督、服务等转变。1993—1996年，物价水平出现改革开放以来第二波上涨高潮。其间，重点抓抑制通货膨胀，稳定物价水平。1997年，价格指数与上年基本持平：居民消费价格指数上升1.8%，商品零售价格指数下降1.2%。1998年，出现通货紧缩，是年两价格指数分别下降3.6%和3.5%，是价格改革以来降幅最大的年份。此后，物价水平连续负增长，物价工作重点转变为扩大内需，优化经济结构，推动市场消费，促使物价逐步回升。2000年—2009年6月，物价水平持续保持基本稳定。市物价部门利用价格杠杆，推进价格改革，完善价格调控措施，加强价格监督检查，整顿市场和规范行政事业收费秩序，搞好价格服务，减轻群众和企业负担，促进经济持续、健康发展。市物价局多次被评为江苏省和南通市价格工作先进集体。