1993年2月撤县设市后，通州市成为江苏省计划单列市，但各类计划仍由南通市下达。重要生产资料等物资供应计划，上级计划部门按年度下达，市计委作为指令性计划，分解下达各单位。下达的主要指令性计划有：煤炭、钢材、生铁、成品油、进口汽车及户口“农转非”等。1994年起，指令性计划大部分被取消。1997年起，基本建设计划、户口“农转非”等计划也都取消，指令性计划不复存在。市年度国民经济和社会发展计划，经分解后，以责任书的形式下达到市直各部门、各乡镇，实行目标管理，计划内容主要有工农业生产计划、主要工业产品产量和交通运输计划、“三外”（外资、外贸、外经）工作计划、科技项目计划、综合财政计划、基本建设计划、各项社会事业发展计划等。随着改革开放不断深入，社会主义市场经济体制逐步建立，全市年度主要经济指标、第三产业发展指标、民营经济发展指标等等，也逐步列为指导性计划下达。

1993年起，新办工业企业，根据产业政策需宏观调控的由市计委审批，其余分别由主管部门批准。1997年，对开办私营企业简化审批手续，由市工商部门按规定直接审批。用汇额度、“农转非”指标、重要生产资料物资计划等事项均不再审批。2001年7月，项目审批工作改由市行政审批中心实行一条龙服务。2004年7月，国务院颁布《关于投资体制改革的决定》，将固定资产投资项目的审批类型分为备案、核准和审批三种。对采用直接投资和资本金注入方式的政府投资项目，从投资决策角度审批项目建议书、可行性研究报告、初步设计和概算。对采用投资补助、转贷和贷款贴息方式的政府投资项目，只审批资金申请报告。对企业不使用政府投资建设的项目，一律不再实行审批制。

1993年，全市完成固定资产投资16.5亿元。1997年，在全国投资环境偏紧的大前提下，投资结构有所调整，但重点建设继续加强，当年完成固定资产投资总额20.14亿元，占计划的101%。2001年，在国家继续加大投资、扩大内需政策推动下，全市投资环境不断优化，重点项目投资结构进一步完善。是年，虽然经过调整行政区划减少3个镇，全市固定资产投资仍完成39.92亿元，比上年增长3.8%。2002年，在市“招商引资、优化环境、转变作风”三项重点工作推动下，项目建设步伐进一步加快，全市固定资产投资完成46.79亿元，增长17.2%。2005年，通过开展争取“工业产值超千亿，投入超百亿”活动，全市固定资产投资完成121.6亿元，工业投入105.2亿元，首次双超百亿大关，重大项目建设取得突破性推进。全市有210个投资额超1000万元的重点建设项目竣工，完成工作量55亿元。其中完成工作量5000万元以上的重大项目20个，累计完成工作量达到10.2亿元。2006年、2007年，围绕做大做强产业经济，着力打造“三区三园”，扎实推进产业承载平台建设，两年完成固定资产投资分别达到152.09亿元和180.21亿元。2008年，全市完成固定资产投资209.53亿元，同比增长16.3%。其中项目农业投入15亿元，新建扩建农业项目141个；规模以上工业完成投入144.53亿元，增长23.2%；规模以上服务业投入32.02亿元，增长41.6%（其中房地产投资10.32亿元，增长6.4%）。重大项目建设进展顺利。全市在建重大项目170个（其中亿元以上项目64个），完成工作量97亿元。