1995—2005年，市国税局受市政府委托，先后为市政府及有关部门代征基金（费），主要有：社保基金、工会经费、人防基金、义务兵优待金、乡镇企业管理费、人民教育基金、地方基金、政府筹集资金等。社保基金征收于1998—1999年，2000年移交给市地税局。工会经费开征于1999年，按月征收，征收标准是企业或组织人员工资总额的2%。凡建立工会企业或组织的按应提取工会经费的40%征收，未建工会的全额征收。人防基金开征于1998年，企业按上年末职工在册人数每人每年10元缴纳人防基金。义务兵优待金开征于2001年，实行按月征收，标准是按企业或组织实缴增值税、消费税税额的1.5%，2003年停征。1995—2005年累计征收各类基金（费）8682万元。2006年起，市国税局不再为市政府及有关部门代征基金（费）。

税收计划管理  1995—2005年，南通市国税局对通州市国税局税收计划任务完成情况进行考核，以年初下达的总任务为基数，其中“两税”（增值税和消费税）作为主要考核指标。1995年国税系统任务为2.68亿元，实际入库数3.43亿元，为年度考核计划的127.88%。2006年开始，南通市国税局对通州市国税局税收计划任务均为指导性计划，以各项征管质量为主要考核指标。2008年税收收入达到20.35亿元，完成年度考核计划的105.5%。2009年度税收收入任务为20.23亿元，截至6月底组织入库税收11.57亿元，同比增长6.8%。

1995—1998年，市国税局以税收计划任务完成情况对分局进行考核。1999年，实施收入计划指标与征管质量指标相结合的“双轨制”考核办法，以税务登记率、纳税申报率、税款入库率、滞纳金加收率、欠税增减率、清欠入库率、立案案件结案率、违章处罚率、查补罚款率、个体税收增长率（简称“十率”），按季度对各分局指导性收入计划任务完成情况和各项征管质量达标情况同时进行考核。当年，全市各类企业准期申报率和平均税款入库率均达95%以上，税收违章处罚率、案件查结率、滞纳金加收率均达100%。2000年起，市国税局改革税收计划管理，对基层分局不再下达年度税收计划任务，在1999年“双轨制”考核基础上，全面推行以“十率”征管质量指标为主的收入考核机制。改变计划经济体制下“征收服从计划、政策服从任务”的弊端，坚持依法办事、依法行政、应收尽收。当年全市各类纳税人税务登记率98.5%，各类企业准期申报率99.4%，纳入微机管理的个体工商户准期申报率96%，各类企业当期税款入库率95.6%，偷逃税案件处罚面达到100%，查补、罚款入库率89.3%，缓缴税款报批率达到100%，滞纳金加收面达到100%。此举得到上级国税局肯定，《人民日报·华东新闻》和《中国税务报》先后进行报道。2008年起，按照南通市国税局目标管理考核办法，对8个分局和稽查局实行绩效考核，通州市第三、第八分局被南通市国税局评为十佳国税局。

税务登记  税务登记是对纳税人的生产经营活动进行登记管理的一项基本制度，登记种类有税务登记、注销登记、变更登记三种。1995年初，国税局负责税务登记的国营集体企业5069户、“三资”企业175户、个体工商户6700户。1996年全面换发税务登记证，全市共换发税务登记证1.14万户，其中各类企业3967户、个体工商固定业户5382户、个体临时经营户2087户。同年，增值税一般纳税人年检3336户，取消一般纳税人资格49户，限期整改229户，年检率98%。1999年全市再次换发税务登记证，共办理税务登记证1.09万户。其中增值税一般纳税人年检2343户。2001年国税统一组织全市1.18万户税务登记换证工作，其中包括一般纳税人2022户、小规模纳税人1417户、个体户8334户。2009年6月，全市由国税负责管辖的纳税户有2.19万户，其中企业8494户、个体工商户1.34万户。

税收信息化建设  1995年开始，市国税局在各分局内部建立Netware网。1997年3月，国税14个基层税务分局全部使用省国税局统一开发的征管软件（Dos平台）。年末，有107台计算机直接运用于税收征管工作。

1998年2月，市国税局机关和各基层分局开设电子邮箱，实现电子数据快速传递。8月，国家“金税”二期工程在通州市逐步到位。9月，通过采用PSTN＋远程控制方式实现全市国税系统联网，实现市局对各基层分局局域网数据的实时调用。

1999—2001年，实现低平台征管软件向高平台征管软件转换，在全省国税系统首次实现平台征管软件4.0系统的电子申报试运行；市国税局建立DDN专线网络，实现全市国税系统广域网实时连接。

2002年，市国税局与银行建立专线连接，实现税款实时划缴。7月1日起，市国税局与市信用联社实现税银联网，个体工商税收全面实行委托银行代扣代缴，至年末，全市有5436户个体工商户纳入该网络，扣缴成功率100%。12月，市国税局组织60户企业成功实现网上纳税申报，首次网上申报成功率和税款入库率都达到100%。是年，市国税局实现高平台征管软件V5.0版升级转换工作和办公自动化4.0版升级工作，全市国税系统办公自动化联网，开始实行机关无纸化办公。

2005年，征管软件7.0及稽查模块8.0上线运行。

2007年1月1日起，新的CTAIS2.0江苏优化版（税收管理信息系统）在全市正式启用，此前所有软件全部归结到新的征管信息系统中。同时，所有税收征管信息数据实行省级（省国税局）集中，满足全省国税系统各级管理层和操作人员对征管数据分析运用和查询需要。

外商投资企业税收管理  根据《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法》规定，对设在通州市的生产性外商投资企业按24%优惠税率征收企业所得税。对经营期在10年以上的生产性外商投资企业，从开始获利年度起，第一年和第二年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税。外商投资企业增值税与内资企业一样征收，产品出口按国家规定享受出口退税政策。1995年，市国税局征收入库各项涉外税收2639万元。1999年增至1.04亿元，同年为“三资”企业办理超税负退税693.3万元，办理出口退税8430万元，办理享受所得税免二减三（对生产性外商投资企业经营期限在10年以上的，从获利年度起，第一年、第二年免征所得税，第三年至第五年减半征收所得税）的企业减免税3048万元。2008年征收入库涉外税收6.98亿元，为1995年涉外税收的26.43倍。至2009年6月，全市正常经营的“三资”企业有676户，1995年—2009年6月累计征收入库各项涉外税收41.4亿元。

减免退税管理  1995年起，国家对出口退税政策多次调整，通州市“三资”企业享受超税负退税、出口退税、所得税免二减三，以及生产型内资企业自营或委托外贸企业代理出口自产货物等享受免、抵、退税（增值税）、汇算清缴结算退税、福利企业先征后退税、资源综合利用免税等多种税收优惠政策。1995—2005年共办理各项政策性减免税收4亿元，办理出口退税21.6亿元。其中：1999年各项政策性退、免税1.2亿元；2004年为7.25亿元（生产型出口企业正常退税6.3亿元，汇算清缴结算退税5149.94万元，福利企业先征后退3813.65万元，外商投资企业所得税结算退税479.16万元，企业所得税减免83.05万元）。2006年9月—2007年7月，国家先后3次降低出口商品退税率。但在国际金融危机影响大背景下，2008年8月—2009年6月，国家又6次提高出口商品退税率。其中，仅纺织、服装就提高4次。大部分商品退税率从11%调整至16%。2006年—2009年6月共办理出口退税19.24亿元。其中，2008年办理5.72亿元，2009年前6个月办理3.6亿元，帮助全市567个（外资247个、内资320个）正常经营的出口企业度过难关，对全市经济发展起到推动作用。

发票管理  新税制实施以后，国税机关管理的发票有增值税专用发票、普通发票两大类。1993年起执行《增值税专用发票使用规定（试行）》。增值税专用发票（简称专用发票）只限于增值税一般纳税人领购使用，小规模纳税人只能使用普通发票。能够认真履行纳税义务的小规模纳税企业，经市国税局批准，其销售货物或应税劳务可由税务所代开专用发票。销售免税货物或将货物、应税劳务销售给消费者的，以及小额零星销售和对于不能认真履行纳税义务的小规模企业，不得代开专用发票。1996年1月1日开始启用千元版、百元版专用发票。企业一次开发票其销售额达到百万元以上的，全部纳入防伪税控系统，开具电脑版发票。1998年1月1日起，全市停止开具1994年版专用发票。1998年7月1日起，推行金税工程，一般纳税人使用防伪税控开具电脑增值税专用发票，国税机关对电脑增值税专用发票进行全国联网核查和比对，同时启用新版手写版专用发票。2000年1月1日起，纳入增值税防伪税控系统管理的企业一律使用新版电脑专用发票，其他企业继续使用普通计算机系统开具旧版电脑专用发票。2001年10月开始，对防伪税控系统管理的企业开具大额专用发票，实行层级审批管理，使用百万元版发票的上报省国税局审批；使用十万元版发票上报南通市国税局审批；使用万元版以下（包括万元版）的由通州市国税局根据实际情况审批。2003年7月1日起，停止开具手写版专用发票。2004年起，增值税专用发票基本联次调整为一式三联，依次为抵扣联、发票联和记账联。

1997年—2009年6月，按照国家税务总局部署，全市进行3次普通发票换版。1997年1月1日第一次更换新版普通发票。使用的发票有：工业企业通用发票、商业企业零售通用发票、商业企业批发发票、棉花收购发票、粮油收购发票、蚕茧收购发票、电力用户电费统一发票等。1999年1月1日第二次更换新版普通发票。使用的发票有：工业企业通用发票、商业企业零售通用发票、商业企业批发发票、棉花收购发票、粮油收购发票、蚕茧收购发票、电力用户电费统一发票、分割业务发票、石油液化汽销售发票、石油液化汽销售定额发票等。2005年1月1日第三次更换新版普通发票。所有发票都有手工和机打两种，主要有：工业销售发票、商业销售发票、商业销售卷式发票、定额发票、机动车销售统一发票、机动车维修业发票、修理修配发票、废旧物资收购发票、粮食（油料）收购发票、粮食销售统一发票、农业产品收购发票、自来水水费发票、电费发票、燃气费发票、农业产品销售发票、国税机关代开统一发票、增值税一般纳税人销货清单等。2006年6月起，增值税专用发票防伪税控“一机多票”开票系统在全市正式上线，新系统将增值税一般纳税人的普通发票开具也纳入防伪税控系统管理，实现对一般纳税人使用的增值税专用发票和普通发票进行全面控管。

税务稽查  1995年开始，市国税局税务稽查分局具有独立行政执法主体资格。1997年稽查分局由原来的7人增至21人，设置综合股、稽查一所、稽查二所和审理所，一般案件实行稽查、审理内分离，重大案件实行稽查、审理外分离（报市局审理委员会）。全年开展专案稽查、日常稽查、专项稽查等，共结案、结论463件，补税罚款合计2801.12万元。1998年初，稽查分局更名为稽查局。全年开展专案稽查、日常稽查和专项稽查共结案449件，补税、罚款及没收非法所得计3011.72万元。先后办理常州国税专用发票协查、“浙江金华虚开专用发票案”补证、河北“南宫虚开专用发票案”“上海淞江虚开专用发票案”“南通德顺物资贸易虚开专用发票案”“如东虚开专用发票案”共6批，涉及通州105个企业422份专票，共计补税罚款30.69万元。

2001年初，全市国税实行一级稽查，取消基层分局稽查职能和稽查机构。稽查局下设综合股、稽查一至四股、审理股（含发票协查）和执行股，在北片设刘桥稽查股，南片设川港稽查股，实行“选案、稽查、审理、执行”四分离。同年，全国增值税专用发票协查信息管理系统开通运行，稽查局全年从网络中接受各地委托信息206条，涉及通州470个（次）企业，协查专票计2119份。同时稽查局通过网络向外地国税机关发出协查信息142条，涉及通州110个企业，计542份专用发票。

2008年对船舶钢结构企业、房地产业企业、有色金属制造企业、家用纺织品行业、品牌联锁经营企业专项检查。全年共检查各类纳税人132户，查结121户，查有问题的103户，查补税款总额1314万元。在查结的各类案件中，查结10万元以上大要案20件。稽查局共向司法机关移送案件29件，依法惩处涉税违法犯罪分子21人，其中拘捕3人、取保候审18人，已诉待判4人、被司法机关判缓刑17人。同年，稽查局依托金税工程协查网络优势，发挥委托协查对案件查处辅助作用，接受网络委托协查信息72条，涉及通州109个（次）企业298份发票，收到机外委托协查函13件，涉及通州31个（次）企业27份发票，受托协查准期回复率100%。同时通过网络发出委托协查信息14条，涉及通州14个企业249份发票，发出机外委托协查函37件，涉及36个企业104份发票，委托协查准期回复率达100%。