流转税改革  1994年1月，将原来征收的产品税、增值税、营业税和工商统一税4个税种改革为增值税、消费税和营业税3个税种，改革以后的流转税制统一适用于内外资企业，取消对外资企业征收的工商统一税。在工业生产领域和批发零售商业普遍征收增值税。在此基础上，对特定消费品征收消费税，对不实行增值税的劳务和销售不动产征收营业税。

所得税改革  1994年，将原有的国有企业所得税、集体企业所得税、私营企业所得税统一为企业所得税，采用33%的比例税率，规范企业所得税前列支项目和标准，取消“国营企业调节税”和向国营企业征收国家能源交通重点建设基金和国家预算调节基金；统一个人所得税，把原个人所得税、个人收入调节税、城乡个体工商业户所得税统一为个人所得税。工资、薪金所得超过800元以上部分，采用9级超额累进税率，最低一档5%，最高一档45%，实行分项计征。对个体工商户承包生产经营所得和对企事业单位承包承租经营所得实行5%～35%的超额累进税率。2008年1月1日起，统一内资、外资企业所得税，税率为25%，对符合条件的小型微利企业，减按20%税率征收企业所得税。

其他税种改革  扩大资源税征收范围，1994年1月，取消盐税，将盐税并入资源税征收范围，实行分产品从量定额计算征税的办法。开征土地增值税，用于调节房地产交易中的过高利润，采用4档超率累进税率。调整城市维护建设税、土地使用税，取消集市交易税、牲畜交易税、烧油特别税、奖金税和工资调节税。

1994年1月1日起实行分税制，改革地方财政包干体制。主要内容：中央与地方事权和支出的划分，地方财政主要承担本地区政权机关运转所需支出以及本地区经济、事业发展所需支出；按税种划分中央与地方收入，中央固定收入（如中央企业所得税、消费税等）、中央与地方共享税（如增值税中央75%，地方25%等）、地方税（如营业税、个人所得税等）；中央财政对地方实行税收返还制度，以1993年中央从地方净上划的收入数据作为以后中央对地方税收返还基数，返还数额按比例逐年递增；将中央税、共享税和全国统一实行的地方税立法权集中于中央；分设中央、地方两套税务机构。

国税征管改革  1995年—2009年6月，市国税局历经4次较大征收管理改革。第一次税收征管改革始于1995年5月，历时5年，改革涉及5项内容：在15个税务分局所在地建立“按事设岗、服务一条龙”征收服务厅，全市基本实现集中申报、集中征收；基层分局内设机构按职能设置，税务征管方式由“管户制”变为“管事制”；实行纳税人或税务代理人主动、按期上门申报纳税制度；税务登记、纳税申报处理和综合税收信息的统计、分析等都纳入计算机网络管理；税务稽查实行人工选案和计算机选案相结合、稽查与审理两分离。这次改革，将“一员进厂、各税统管”的征管模式，改为征收管理与检查“两分离”或征收、管理与检查“三分离”式征管运行机制。

2001年，根据省国家税务局部署，市国税局在全省率先实施新一轮税收征管改革。主要内容：完善网络建设，实现征管信息集中处理和高效运用；改进申报方式，建立以电子申报为主，上门申报、现场申报为辅的科学、便捷、高效的税收申报体系；按照集中征收、适度分散管理、一级稽查要求，将14个基层分局撤并成7个分局，后又全部改成管理分局，履行专业税收管理职能；新成立1个征收分局，履行税收计划统计科职能；重建1个稽查局，税务稽查实行“选案、稽查、审查、执行”四分离。这次改革，按照“先进高效、严密监控、集约管理、方便纳税、因地制宜”基本原则，建立“按照征、管、查处分离设置专业职能分局，以市为单位集中征收、划片管理、一级稽查”征管新格局。2001年8月，南通市国税局在通州召开税收征管改革现场会。《人民日报》在2001年9月18日对此作报道。

2003—2004年，市国税局进一步深化税收征管改革。这次改革主要内容：信息集中化，2003年9月实现以省辖市局为单位数据集中，征管信息集中存储和集中处理；办税运作网络化，基层上报的纸质审批数据改为电子信息，通过网络传输上报信息和审批信息；征收电子化，实行税、银、库联网，实现税收电子申报、电子结算；管理扁平化，改革办税业务流转程序，压缩管理层次，简化办税手续；稽查工作专业化，实行选案、检查、审查、执行科学分离；管理职能集约化，基层分局不再设立行政性内设管理机构，其职责统一由市国税局承担。

2007年6月开始，市国税局又一次在全省率先推行管理模式改革。对新办税务登记纳税人采取“一次性综合告知、一次性综合申请、一窗式综合受理、一次性调查采集、一次性审批办结、一户式资料共享”的“六个一”办税新流程，综合办理各项涉税事宜。共整合办税环节19项，减少办税资料14项，减并调查环节21项。2008年4月，市国税局将城区中心办税服务厅内原按业务类型分设的申报、发票、综合3个专业窗口统一整合为全职能“综合服务窗口”，实行“综合受理，内部流转，限时办结，窗口出单”业务流程。2009年4月15日，市国税局在第二分局（平潮）举行“同城通办”开通仪式，全市所有企业可以在附近或任意一个国税办税大厅办理全部涉税事宜，打破过去数十年属地管理模式，在全省国税系统率先实现纳税事宜全市通办。

地税征管改革  1998年起，地税对税收征管也实行重大改革，主要内容为：逐步建立“以申报纳税和优化服务为基础，以计算机网络为依托，集中征收，重点稽查”模式，按经济区域建立征管分局，建立申报服务大厅，建立稽查机构；严格纳税申报制度，推行纳税人“自核自缴”；推行税务代理；加强税务稽查；推广计算机在税收征管领域的应用，实现微机开票。同时，将加强税收法制建设，科学划分税收征管系列及其职责，切实改善税务机关的服务，适时合理调整机构设置和人员配备作为征管改革配套措施。至2000年，新的征管模式基本建立，办税服务厅功能齐全，全面实现专管员由管户向管事转变，所有征收单位都能应用微机处理征管业务，所有征管分局与市局运用计算机网络实现全市地税征管数据集中处理。2005年5月1日起，在全市实行税收责任区管理模式，农村分局以镇为单位划分责任区，城区分局以行业划分责任区，全市共划分43个责任区，配备82名管理员，全面实行税收管理员制度。全面推行电子申报，全市实行电子申报3875户，占正常申报户的65%，通过电子申报入库的各项税款占总税收的80%以上。2008年起，进一步加强与国税部门的沟通合作，初步形成“统一登记、统一定额、统一划缴账户、统一催报催缴、统一行政处罚、统一税收清理”六个统一的新征管模式。12月成立纳税服务中心，集中办理纳税人的申报征收、涉税审核（批）受理、政策咨询、投诉举报、税收宣传等涉税事务。