1993—1994年，通州市税款征收由市税务局负责。1993年征收的税种主要有产品税、增值税、营业税、工商统一税、个人收入调节税、城市维护建设税、外商投资企业和外国企业所得税、车船税、房产税、屠宰税、土地使用税、企业所得税等。当年组织入库工商税收（全口径）2.94亿元，比1992年增长28.48%。1994年1月1日起，以规范增值税为核心的工商税制改革在全市范围内付诸实施。征收的税种主要有增值税、营业税、消费税、企业所得税、个人所得税、资源税、土地使用税、印花税、固定资产投资方向调节税、城市建设维护税等。1994年7月，市税务局作为全国50个试点城市之一开始实施“金税”一期工程，实现部分增值税专用发票计算机交叉稽核。9月，税务局分设国税、地税两套机构，并对征收范围作具体划分，当年各项税收收入3.54亿元，增长20.41%。

1995年起，市国税局负责征收的主要税种有增值税、消费税、外商投资企业和外国企业所得税、中央直属企业所得税、金融保险业营业税、个体税收等13个。为创新征管机制，市国税局先后实施4次大的税收征管改革，由管户制改为管事制，由税务人员上门收税改为纳税人上门申报缴税，由手工管理改为微机管理，由属地办税改为全市通办，税收征管运行机制逐步科学规范。1995年—2009年6月，市国税局累计组织入库工商税收125.91亿元，年均增幅13%以上。其中，2008年税收收入达到18.82亿元，占全市财政总收入的45.23%，是1995年的5.48倍。同时，市国税局认真贯彻落实国家税收优惠政策。1995—2008年累计减免各项政策性税收4.91亿元，办理出口退税40.83亿元。1995年3月，市国税局被最高人民法院、公安部、最高人民检察院、税务总局表彰为全国税务系统打击伪造、倒卖、盗窃发票违法犯罪活动先进集体。2001年12月被省委、省政府授予“1999—2000年度江苏省文明单位标兵”称号。2003年4月，市国税局金沙分局综合股被授予“全国巾帼文明示范岗”称号。

1995年起，市地税局负责征收的主要税种有营业税、城镇土地使用税、企业所得税、个人所得税、城市维护建设税、房产税、印花税等12个。2001年首创“属地管理，项目登记，发票控管，异地代征，核定征收”建筑业税收征管模式，走出一条符合通州建筑业发展实际的税收征管新路子，被南通市地税局在全市推广。2003年开展的“满意在地税”活动被南通市精神文明建设指导委员会命名为首批“南通市人民满意服务品牌”。2005年，创新项目“税收征管责任区标识系统”获南通市最佳工作创意奖，并在南通市推广。1995年—2009年6月，市地税局累计征收税款58.06亿元，征收基金（费）30.76亿元，合计征收88.82亿元，其中，2008年征收税款11.96亿元，是1995年的20.18倍，年均递增28.45%。1999—2006年，市地税局连续4届被授予江苏省文明行业称号，2005年被中央精神文明建设指导委员会评为全国精神文明建设工作先进单位，2009年1月又被授予全国文明单位称号。2005年，地税第一税务分局被人事部、国家税务总局评为全国税务系统先进集体；第一税务分局征收股被全国妇女“巾帼建功”活动领导小组授予“全国巾帼文明岗”称号。