会计工作管理  1993年，财政部门组织全市企业实施新旧会计制度转轨。1996—1999年，通州市先后出台《会计工作管理办法》《会计人员注册登记办法》《会计法规继续教育工作规划》《会计人员理论和技术教育工作规划》《国有企业财务管理考核办法》，建立企业重大财务事项报告制度和例行财务检查制度，每年对市直行政事业单位财会基础工作实行考核，对市属企业推行委派财务总监，对市属企业会计试行统管统配。2000年，统一乡镇财政账务。全市各乡镇建立会计管理站，658个乡镇行政事业单位财务实行乡镇财政统管，1016个乡镇企业实行会计委派制，369个行政村实行村账镇管。建立通州市会计人员信息库，对全市48个单位65位会计干部进行任职资格考察，同时完成第四次全国会计人口普查。2001年，全市开始推行会计账册财政监管，至2003年，全市建账监管注册登记单位3810个。2004年组织实施“企业—会计双向信息服务”工程，逐步推行会计电算化。2005年调整充实会计专管员队伍，推行会计基础工作联系点制度。2007年组织第三届全国会计知识大赛，通州市获南通赛区决赛三等奖。2008年向南通市推荐全国先进会计工作者候选人4人，大富豪啤酒公司杨力获全省先进会计工作者称号。1997年—2009年6月，全市560个企事业单位通过会计基础工作考核。

会计从业资格管理  1992年，县内推行会计人员持会计证执业制度，当年有596名在岗会计人员获得会计证。2002年，按照财政部《会计从业资格管理办法》，对全市6000余名会计人员的会计证进行年检，换发“会计从业资格证书”。至2009年6月，全市取得会计从业资格的人员有8647人。

会计培训工作管理  1993—1994年，为适应新会计法及新老财会制度转轨需要，通州市组织开展会计人员集中培训，参训人员1.2万余人次，培训面95%以上，此后会计培训工作进入正常，培训内容有会计电算化、会计上岗证（会计从业资格）、会计职称培训和会计人员继续教育等，全市6000余名会计人员每年均能完成规定内容和课时培训。1993年—2009年6月，中华会计函授学校通州市函授站开办中专班25个、毕业学员1379人，开办大专班8个、毕业学员247人。1994年，江苏省中华会计函授学校通州市函授站获省“质量信得过函授站”称号，1996年12月，会计电算化管理、函授教育分别被评为南通市及省先进。2004年，市财政局获南通市财政系统会计管理部门文明服务窗口称号，获南通市财政局、人事局颁发的南通市财会工作先进集体奖牌。

会计专业技术资格管理  1992年起，全县（市）中级会计专业技术资格由评审改为考试。2002年起，初级会计专业技术资格也由评审改为考试。至2009年6月，全市有848人通过全国会计专业技术资格中级考试，2219人通过全国会计专业技术资格初级考试。2004年后，全省对高级会计师实行考评结合办法管理，至2009年6月，全市有59人通过高级资格考试，30人经过省级评审取得高级会计师资格。

会计师事务所  1988年8月，南通县财政局、税务局、审计局联合组建南通会计师事务所金沙分所，分所为二级法人企业，性质为全民事业单位，采取自收自支、自负盈亏模式管理。建所初期有2名专职人员，主要进行内资企业的验资，此后逐步增加为外商企业验资、社会审计、资产评估、工程预决算审核及产权交易等服务项目。1994年升格为省直属所，定名为江苏通州会计师事务所，执业人员最多时36人，其中注册会计师13人、注册资产评估师6人。办公地点位于金沙镇建设路66号。1999年12月改制与财政局脱钩，改称通州中天会计师事务所有限责任公司，2003年更名南通中天会计师事务所。2009年6月，会计师事务所从业人员25人，其中注册会计师9人、注册资产评估师10人。

1993—1997年，全市每年都组织开展税收、财务、物价大检查工作（简称“三大检查”），共查处违纪金额3093万元，入库2828.2万元。财政部门除牵头开展“三大检查”外，还根据工作需要开展财政专项检查。1995年，市财政部门对先锋等10个乡镇财政工作作重点检查，组织对财政小贷、乡镇金库、票据管理等专项检查，接处人民来信、来访20件（人次），清查小金库资金83.5万元，收缴违纪款18.4万元。1996年对全市749个企业进行预算外资金清查逆向检查，对市直93个行政事业单位和24个乡镇的123个行政事业单位重点检查。

1998年，“三大检查”改由财政、税务、物价三部门单独组织。1999年起，“三大检查”停止，财政监督工作逐步演变为常规性财政稽查，由财政局财监会管科具体负责。2000年8月，市财政部门组建专职财政监督机构——通州市财政局稽查大队。2001年10月，市财政局机构改革，成立财政监督检查科（与稽查大队合署）。市财政监督稽查工作注重日常监管和制度规范，强化专项检查和重点稽查，特别是2007年起实现由事后监督为主向以事前、事中监督为主的转变。2008年在全省率先建立市级财政稽查网，初步形成从市到基层利用信息手段进行监督的长效监督机制。1999年—2009年6月，市财政局查处各类违纪违规款1.62亿元，其中，查补入库税费1810.9万元，追缴入库违纪资金957.45万元，清理借用公款和公款购买商业保险违纪款621.4万元，查处小金库金额500.02万元，纳入部门预算管理资金195.35万元，核减财政负担费用465.2万元。2008年，通州市财政局被省财政厅评为全省财政监督工作综合考评先进单位。