1990年，县财政局增加国有资产管理职能，建立国有资产管理股，1997年3月建立通州市国有资产管理局（与财政局合署）。1998年3月成立通州市公有资产管理委员会，下设办公室，挂靠市国资局。1998年4月，试行公有资本营运新机制，建立3个层次的公有资产管理营运体系：建立通州市公有资产管理委员会，作为全市公有资产所有者代表，是公有资产监督管理的决策机构；建立市公有资产管理委员会授权投资机构（市公有资本营运机构），作为公有资本投资主体，负责经营公有资产产权，同月组建通州市机电冶金资产营运有限公司、通州市纺织丝绸资产营运有限公司；同时确立公有资产投资机构所属全资、控股、参股企业的独立法人地位，并对投资机构承担资产保值增值责任。2002年11月，市政府将企业公有资产管理职能划归新设立的通州市企业公有资产管理办公室。至2009年6月，市公有资产管理委员会办公室负责全市行政事业单位资产管理，市财政局负责市内国有企业产权登记与管理，市企业公有资产管理办公室负责市属集体企业资产管理及企业改制。

1993年2月对全市行政事业单位财产进行清查登记。参加财产清查登记单位747个，其中行政116个、事业631个，清查登记资产3.37亿元。1996年，根据国家国有资产管理局、财政部《行政事业单位国有资产管理办法》，对全市行政事业单位进行产权登记，并颁发“中华人民共和国国有资产产权登记证（行政事业单位）”。年末，全市登记占有国有资产的行政事业单位345个，其中市直149个、乡镇196个，登记占用国有资产总额6.5亿元，其中市直4.18亿元、乡镇2.32亿元。2001年6月，再次组织开展地方预算单位清产核资工作。全市参加预算单位清产核资的单位共253个，核实国有资产11.96亿元。2007年，全市按照财政部、省统一部署，依照“统一政策、统一方法、统一步骤、统一要求和分级实施”原则，历时8个月，对全市315个行政事业单位资产、财务等情况进行全面清查、审计和核实，清查盘盈资产1.48亿元，盘亏资产1.14亿元，清查核实后全市资产总额36.32亿元，负债总额14.95亿元，净资产总额21.37亿元。2008年，根据财政部统一部署，全面开展党政机关事业单位公有房屋土地使用情况清理工作。全市323个党政机关事业单位纳入清理范围，其中市直202个、乡镇121个。清查房屋228.58万平方米、土地250.46万平方米，同时对房屋、土地及其他经营性资产近3年经营收益进行统计，发现存在问题单位47个，列出问题149条，全部督促有关部门落实整改。

2001年7月，全市医疗机构全面进行产权制度改革。为防止国有资产流失，市财政局对各单位资产清查情况、资产评估结果和资产剥离情况分别进行核准确认。当年全市53个医疗机构改制（市属医院7个、镇卫生院46个），国有资产收益2620.51万元。2001年三余中学、二甲中学进行整体出售，2003年平潮中学进行股份制改造，市财政局严把清产核资、财务审计、资产登记关，收回三余中学、二甲中学国有资产242.63万元。2003年，市委、市政府颁发《关于推进市属事业单位分类改革的实施意见》，全市企业化管理事业单位实行改制并转为企业。市财政局抽调人员分成3组对所有改制单位资产情况进行核实。2003—2005年完成市交通技术学校等9个事业单位改制出售并转为企业，收回净资产2528.6万元。应剥离的人员费用统一由财政专户储存，分期支付。

2003年4月，市政府出台《通州市市级行政事业单位资产管理办法》，对市属行政事业单位资产实行分类管理。市级机关、非企业化管理的事业单位以及列入行政事业单位财务管理的社会团体房屋建筑物和土地资产，由市政府授权市公有资产管理委员会办公室直接管理；暂不列入授权范围的其他资产由市公有资产管理委员会办公室监督管理。2004年，市财政局以公有资产管理委员会办公室名义，对纳入直接管理的资产正式办理移交手续，接管房屋面积35.9万平方米，账面总金额2.84亿元，土地129块、面积78.1万平方米，原征用土地账面总金额3100万元。2004—2005年对移交的66处经营性用房实行公开拍租招租，租金收入147.1万元，比原租金增长38%。2006年市行政中心南迁后，通过市场化运作，组织公开出租、出售原行政事业单位闲置资产，至2009年6月，招拍租房屋143处，实现租金收入661.7万元、房屋出让收入6041.8万元。同时，重新制定一般性固定资产报废报损审核制度，规范一般性资产处置管理流程。

1992年，全县企业国有资产评估管理工作全面推开。财政局国有资产管理股按照“申请立项、资产清查、评定估算、验证确认”程序，对资产评估项目逐个进行立项和审核确认。2002年起，根据《国务院办公厅转发财政部关于改革国有资产评估行政管理方式加强资产评估监督管理工作意见的通知》，取消政府部门对国有资产评估项目立项确认审批制度，实行核准制和备案制。经政府批准涉及国有资产产权变动、对外投资等经济行为的重大经济项目，其国有资产评估实行核准制，对其他国有资产评估项目实行备案制。

1993年3月，通州市建立清产核资领导小组，下设办公室（设在财政局）。1994年，选择通州棉纺厂等18个市属国有企业进行清产核资试点。1995年，国有企业清产核资工作全面铺开，全市168个国有企业及企业化管理事业单位纳入清产核资范围，同时对土地进行估价入账。至1995年末，全市国有企业资产总额23.57亿元、净资产6.91亿元，其中新增土地估价入账1.51亿元。1997年开展城镇集体所有制企业、单位清产核资工作，248个城镇集体所有制企业（含金沙、二甲、三余、石港、平潮五大市镇所属企业）和51个信用合作社参加清产核资工作。清理核实总资产52.8亿元、所有者权益7.48亿元。

1996年起，市政府决定在全市大范围进行企业产权制度改革。财政部门参与全市改制政策制定和改制方案拟订，严格财务审计、财产损失审核，对非经营性资产剥离和职工安置费用预提制定严格的申报、审核程序，及时组织收回退出净资产。至2005年末改制结束，市属企业累计改制202个，收回净资产3521.48万元，经营性国有、集体资产基本退出竞争性行业。

1997年1月1日起，根据国家统一部署对占有、使用国有资产的各类企业进行占有产权登记，颁发“中华人民共和国国有资产产权登记证（境内企业）”，作为企业合法占有、使用国有资产并对所占用国有资产负有保值增值责任的法律凭证，并实行企业国有资产产权登记年检制度。1997年登记国有企业167个，国有资产5.85亿元。1997年以后，随着企业改革的深入，国有资本逐步退出，至2009年6月底，国有企业仅剩11个，资产总额7.14亿元，负债总额6.05亿元，所有者权益1.09亿元。