1993年，通州市行政事业单位财务管理实行“预算包干，超支不补，结余留用”管理办法，除专项房屋修缮费、专项设备购置费、专项会议费等实行专项追加外，其余各项经费均纳入单位年度预算包干总额。根据行政事业单位类别和预算外收入情况，分别采取全额、差额和自收自支三种预算管理方式。1994年，为加强专项资金管理，市财政局发出《关于进一步加强文教科卫等专项资金管理跟踪问效（暂行）办法的通知》，对一次性在2万元以上专项资金使用跟踪问效，建立管理台账。1998年起预算会计制度进行重新改革，将单位预算管理分解为事业单位和行政单位两个管理体系，对预算内外资金统一管理、统一核拨。对行政单位实行“收支统一管理，定额、定项拨款，超支不补，结余留用”办法，对事业单位实行“核定收支，定额或定向补助，超支不补，结余留用”办法，同时对部分自收自支事业单位试行工资总额与经济效益挂钩办法进行管理。2009年起，对所有党政机关以及参照公务员管理的事业单位实行收支脱钩管理模式。

1993年7月1日，市属国有、集体企业执行财政部《企业财务通则》及分行业的企业财务制度，以《企业财务通则》为统帅、分行业的企业财务制度为主体、企业内部财务管理办法为补充的企业财务制度体系建立，企业在财务管理中拥有更大自主权，并与国际惯例接轨。1994年1月1日起，根据财政部、国家税务总局《企业所得税若干政策问题的规定》及省财政厅《关于规范国家与企业的利润分配关系，强化企业所得税管理工作的通知》，对原来实行利润包干或承包上交利润的企业，不管承包或包干是否到期，一律按企业所得税条例及其实施细则规定征收所得税。企业的固定资产借款，用企业自有资金归还，取消税前还贷。1995年，根据财政部有关规定，除部分特殊行业以外的各类国有及国有控股的非金融企业年度决算报表，财政部门不再审批，改由中国注册会计师进行审计。1996年以后，随着政府职能转变，财政部门对企业财务管理逐步由直接管理转变为间接管理，市财政局加大对市属企业改革力度，推进市属企业改制和破产重组，筹集工贸发展基金，帮助企业核减债务。妥善处理企事业单位改制遗留问题。2008年，为破产关闭国有大集体工业企业9749名退休人员办理基本医疗保险，安排财政资金6181万元。参与市起重设备修造厂、基础工程公司等单位有关改制遗留问题的审核，实现产权收益2288.45万元，审核拨付产权支出1309.95万元，拨付事改企专户支出112.33万元。2009年上半年，进一步完善财政扶持企业发展项目资金监管及验收管理办法，编印《支持经济发展财政政策汇编》500册，下发到各规模企业。帮助市信用联社向省申报，获微小企业贷款补偿资金83.37万元。

随着外向型经济发展，外商投资企业迅速增加。财政部门逐步加强对外商投资企业财务管理。1996年，根据财政部《外商投资企业财政登记管理办法》规定，全市开始对外商投资企业实行财政登记工作，当年首批登记企业406个。1997年，根据国家对外贸易经济合作部等7部门《关于对外商投资企业实行联合年检的通知》，市财政部门协同外经委等部门对已登记的406个外商投资企业出资、生产经营、财务、外汇、进出口等方面情况进行联合年检。2005年起，外商投资企业联合年检改在网上进行，当年参加年检企业541个。2006年新办理外商投资企业财政登记183个，进行外商投资企业网络联合年检410个。2008年，办理外商投资企业财政登记和财政年检，参检率和通过率为100%。

1993年，全市有农业企业11个，其财务均实行“自主经营、独立核算、自负盈亏”运行模式，隶属市财政局管理，市财政部门定期组织对企业进行报表汇审、奖金核定审批、财务互查等。1994年起，对农业企业年报试行进驻单位审查，会计信息质量、农业企业财务管理得到加强，这一做法在南通市范围内得到推广。1998年起，农业企业相继改制，至2009年6月底有5个农业企业国有资产相继退出。

1993年起，全市用于支援农业的各项资金逐年增加，财务管理从日常资金拨付监管逐步向支农资金科学精细预算及绩效考评转变。2000年，市财政设立财政专户，对农业综合开发资金实行统一资金归集、统一资金拨借、统一会计核算、统一报账，资金专户储存、专人管理、专账核算、专款专用。1993年—2009年6月，全市农林水事务类支出共计11.11亿元，其中2006年—2009年6月支出6.99亿元，是1993—2005年的169.47%；中央、省、南通市和通州市共投入农业综合开发项目资金8847.95万元，涉及乡镇32个（次）。

2002年起，财政部门参与农业项目论证、申报和项目建设全过程管理，同年，通州市农业财务管理在南通市率先实行会计电算化核算。2005年成立农业综合开发项目部，在江苏省首创农业综合开发资金报账表式，全面规范报账程序和手续，农业综合开发事业得到较好发展。

2007年，根据省及南通市部署，贯彻落实农业保险政策，对水稻、小麦、油菜和能繁母猪进行保险，全市水稻承保面积3.26万公顷，能繁母猪承保1.99万头，农业保险承保面100%。全市水稻和能繁母猪承保费852.58万元，其中：中央省级财政补贴402.38万元，通州市财政补贴133.09万元，农户承担额317.12万元。2007年11月开始对病害猪无害化处理发放补贴，至2009年6月底，病害猪无害化处理共发放补贴31.3万元。2009年上半年扩大农业保险覆盖面，进一步完善农业保险基金和定额理赔管理程序和办法。全市冬小麦保险面积2.68万公顷，油菜保险面积3.1万公顷，奶牛续保193头，能繁母猪续保2.5万头，拖拉机保险3辆，联合收割机保险16台。各级财政保费补贴1050.5万元。按规定向农户支付农险赔款，赔款直接由保险基金专户拨付至各镇财政所农业保险理赔资金专户，再打入农户一卡通存折，切实保障受灾农民群众利益。2009年1—6月共死亡能繁母猪373头、奶牛1头，支付赔款36.62万元。为抵御因区域性重大自然灾害引起的政府超赔风险，2009年开始，将农业保险基金滚存结余全额纳入市级政府巨灾准备金，至6月底，全市巨灾准备金滚存结余2784万元。

1996年起，通州市逐步建立革命烈军属、伤残军人、复退军人等优抚对象抚恤优待金、城乡居民最低生活保障金、农村“五保”户供养标准的自然增长机制，确保他们生活水平随社会经济发展不断提高。2003年下半年起，将各镇发放的民政供养人员生活补助和定期抚恤金改由市财政集中发放。

1998年前，社会保险基金纳入预算外资金管理范围，实行“专户储存、收支分线”管理模式。1998年起，企业职工养老保险基金、机关事业单位职工养老保险基金、失业保险基金、工伤保险基金、生育保险基金撤销单位收入账户，所取得收入直接进入财政专户，实行财政专户管理。2005年起，农村合作医疗保险基金也纳入财政专户管理。2007年，启动城镇居民医疗保险，资金纳入财政专户管理，封闭运行，至此全市城乡医疗保障实现全覆盖。2008年，通州市全面启动新型农村养老保险，农村居民按上年农民纯收入的10%缴纳保险费，市、镇财政分别按上年农民纯收入的2%和1%给以资助，当年筹集资金2.86亿元，参保率65%。2009年上半年参保率升至85%，全市农村养老保险基本实现全覆盖。保险基金全部纳入财政专户管理。

1993年—1998年2月，由中国建设银行通州市支行代理行使财政职能，管理全市基本建设财务。1998年3月，市财政局收回该职能，对基本建设项目实施财务监督。2005年4月起，全面实施《通州市政府投资项目管理暂行办法》，财政部门对政府投资项目全程实施监督管理，并会同发改委编制年度基本建设投资计划，参与项目立项、招标等监督管理，由市会计核算中心按项目、按基本建设财务会计制度建立基建账套，工程资金按规定由国库集中支付。2008年4月成立通州市财政投资评审中心。2009年6月出台《通州市政府投资建设项目评审管理办法》，政府投资项目评审范围、评审内容、评审方式、评审程序等进一步规范，原来侧重于造价的审核扩展为对方案论证和概算审核两方面。2008年—2009年6月，评审中心共完成评审项目187个，送审金额31.4亿元，核减金额3.39亿元，核减率10.8%。

2006年开始，按照国家规定发放石油价格改革财政补贴。2006年—2009年6月共发放燃油补贴2276.24万元。2007年起，为保证政府投资项目和工业园区建设需要，通州市利用城投公司与各商业银行进行融资，至2009年6月，先后组建通州市惠通投资有限责任公司、通州市泽通开发实业有限公司、通州市新世界开发建设有限公司和南通耀通水业有限公司4个融资平台，并对其注资，注资后注册资本分别达到8亿元、6.4亿元、1.5亿元和1.7亿元，2007年—2009年6月，4个公司共融资到账40.6亿元。2009年5月又建立平潮、五接、张芝山、先锋、川姜、石港等6个乡镇级融资平台。2009年2月起，实行家电下乡价格补贴，至6月底，共发放补贴资金50.5万元；发放汽车摩托车补贴资金223.55万元。