1993—2000年，通州市对行政事业单位经费实行“预算包干、超支不补、结余留用”办法管理。2001年，在公安局、农林局和民政局3个部门试编行政事业单位部门预算。2002年，统筹预算内外财力，坚持“量入为出、量力而行”原则，采用零基预算法，对市直行政事业单位实行综合财政预算，全面推行部门预算管理改革。2003年起，在南通市率先推行部门预算编审软件系统，同时将市直176个单位分成六大类，根据不同职能和任务，分别制定工资性支出和公用支出的定额标准，项目有20多项，定额标准50多个，初步形成一套支出门类齐全、项目完善细化、定额分档及标准基本符合实际的定额体系，为编制部门预算提供统一依据。2009年上半年，对所有党政机关以及经批准参照公务员管理的事业单位，在省内率先实行收支脱钩管理模式，即单位组织的非税收入全部由政府统筹安排使用，其经费支出由财政全额保障，单位支出与收入不再挂钩。事业单位收支预算仍然按照“先预算外后预算内”顺序统筹安排，实行收支挂钩办法管理。同时，推行部门非税收入任务责任考核机制，收入任务纳入政府对部门年度目标管理考核范围，与奖惩挂钩。至2009年6月，全市共有187个市直行政事业单位纳入部门预算管理，预算总额12.5亿元。

1993—2000年，市级财政性资金收付，按职能分工由财政局各业务科室分块管理和核算。2001年，探索国库集中收付制度改革，下发《通州市行政事业单位财政统一发放工资暂行办法》和《农村中小学教职人员工资市财政统一发放的实施意见》。9月，农村中小学教职人员国标工资改由市财政统发。科技三项费等财政专项资金直接拨至使用单位，减少中间环节，提高资金效益。11月，市财政局设立国库科，专司财政性资金管理和预算执行职能。2002年，在市级财政全面实行国库管理制度改革，出台《市级财政实行国库集中收付制度的实施意见》与《通州市财政性资金拨付办法》，建立市级国库单一账户体系。市级各类财政性资金（税收和非税）统一纳入国库管理，收入直接缴入国库或财政专户，支出通过国库单一账户直接支付到商品供应商或劳务提供者的银行账户。当年5月，全市257个财政全额拨款的机关事业单位1.44万名在编在册职工和6127名离退休人员工资由市财政统一发放。2003年6月，建立以财政国库直接支付为主、会计核算中心授权支出为辅的支出管理体系，对城建、交通等建设资金实行直接支付。是年，镇公教人员省标工资纳入市财政统发，全市6631名民政供养人员经费也实行国库集中支付。2004年，市财政对所有专项资金和建设资金实行集中支付。2005年，对基建支出、专项资金、政府采购项目等经费全面实行国库直接支付，公用经费、零星购置、小额专项经费等授权会计核算中心支付。2006年以后，市财政国库集中支付的项目范围不断扩大，先后对企业养老保险基金、新型农村合作医疗基金等实行直接支付。

1993年，通州市对行政事业单位预算外资金实行“专户储存、收支分线、财政审批、银行监督”的办法管理。各单位只开设收、支各一个账户，收入账户除按规定转存财政专户外，只进不出；支出账户除财政转入外，只出不进，多余账户全部清理、撤销。支出时按单位编制的“预算外资金季度分月用款计划表”拨款。是年，预算外总收入6952万元，相当于预算内总收入的26.9%；预算外总支出7617万元，相当于预算内总支出的51.3%。

1997年，市政府下发《通州市预算外资金管理暂行办法》，全市预算外资金实行“统一领导，集中管理，建立专户，收支分离，适度调控，综合平衡”管理模式，撤销单位收入账户，所取得收入直接进入财政专户，各单位只保留一个支出账户，结束“专户储存、收支分线”管理模式。1998年，全市123个市直单位实行收支分离管理，管理面达99%，纳入财政专户资金总量2.54亿元。在收支分离基础上，从1999年起预算外资金纳入综合财政预算。

2001年初，市行政事业性收费管理中心建立，并在市行政审批中心设收费窗口。根据《通州市预算外资金统一征收票款分离管理暂行办法》和《通州市预算外资金统一征收票款分离管理实施细则》，全市范围内所有基本建设项目涉及行政事业性收费均由执收单位开缴款通知书，由收费中心统一开票和收款；除此之外的收费从8月1日起由执收单位开票，银行代收，财政统管。2001年，预算外总收入3.88亿元，相当于预算内总收入的47.6%；预算外总支出3.13亿元，相当于预算内总支出的58.3%。

2003年6月1日起，除少数特殊项目的收费使用手工票外，其余均通过财银联网，全面实行“单位开单、银行开票、实时入库（专户）”的“票款分离”非税收入收缴制度，实现“票款同行”。2008年1月，非税收入在市级行政事业单位全面执行“单位开票、银行代收、实时入户、财政管理”新模式，7月，在镇级全面推行，在南通市率先实现市镇非税收缴制度改革全覆盖。同年出台《经营性土地出让净收益和建设规费管理办法》，严格执行“土地出让收入足额缴入财政专户，实行收支两条线管理”规定。2009年1—6月，全市实现非税收入8.03亿元。

1993年后，财政票据包括行政事业性（非商事）收费票据（收费票据和结算凭证）、罚没票据及财政部门征税票据。行政事业性收费票据由财政局综合计划部门负责管理，财政部门涉税票证由农税征管部门按税收发票管理办法管理。

1994年，市财政局印制的票据开始套印“江苏省财政票据监制章”。市直行政事业均建立票据领购、缴销、结报台账，清理回收旧票据并按规定销毁。1997年，市政府下发《通州市行政事业性收费票据管理暂行办法》，对收费票据适用范围及领用、结报、管理等作出具体规定。1999年6月，市财政局等部门转发《江苏省行政事业性收费和政府性基金票据管理办法》，重申收费票据印制、发放、使用、管理、监督与处罚等规定。2000年，对全市145个行政事业单位和49个乡镇收费进行年检，专项检查市直37个重点单位票据管理情况，新版票据均按规定建立台账，未发现违规问题。2001年，市级行政事业性收费实行“票款分离”和“票据准购证”管理制度。

2003年5月，票据管理职能由财政局综合科划国库科，市财政局下发《关于进一步加强我市行政事业收费票据管理的通知》，进一步规范收费票据领购、使用与缴销制度，全面实行“单位开单、银行开票、财政管理”收缴脱钩、票款分离管理办法。2004年，“票款分离”改革进一步深化，并向镇级延伸，有关软件得到升级，市镇两级行政事业性收费全部实现即时入库（专户）。2005年11月，全市统一启用国家财政部监制的收费票据。2008年1月起，实行新的非税收缴模式，启用由财政部监制的新版财政票据，即“非税收入一般缴款书”，原有各种老版财政票据停止使用。

1993年—2003年3月，市直各行政事业单位会计核算分别由各单位独立设账核算。2003年4月，通州市会计核算中心（简称核算中心）成立。根据《通州市市级机关事业单位会计统管实施办法》规定，撤销纳入会计集中核算单位各类银行账户282个，原分散在各单位2777万元财政性资金统一集中到核算中心账户。纳入会计集中核算单位在银行开设的一切收支账户全部取消后，由核算中心统一开户、集中记账、直接收付、分户核算，实施会计管理和监督，但单位的会计核算主体不变、资金使用权不变、财务管理权不变、领导审批权不变，实行报账制。当年6月，178个市直行政、事业单位财务由核算中心统管，政府性工程项目也由核算中心统一核算。核算中心设总会计、录入会计、资金会计、单位会计、基建会计等岗位，分别负责审核、录入、资金拨付和会计核算，实行办公自动化。核算中心大厅内设触摸屏查询，党政信息网开通网上查询，统管单位可以及时了解收支情况。2005年，纳入市会计核算中心集中核算的单位增至203个。镇级会计集中核算改革全面推开，各镇均建立镇级会计核算中心，镇级行政事业单位也全面纳入集中管理。2005年下半年，通州市根据省确定的国库集中支付制度改革目标，开始推行会计集中核算向国库集中支付转轨，2006年6月，会计核算中心增挂“通州市国库集中支付中心”牌子，利用会计核算中心操作平台和资源，审核办理国库集中支付业务。同时将核算中心支出账户转变为财政（单位）零余额账户，用于财政性资金集中支付。2007年1月，试行建立远程报账制度。2009年1月，全面实行远程记账管理模式，对部分人员少、业务量小，且缺少会计人员的单位，恢复预算单位会计岗位，由支付中心代理记账。至此，国库集中支付中心职能由会计核算转向审核监督和对部门预算执行情况分析控制。