1993年，省对县实行财政收入递增包干体制。在省规定递增率以内的收入，通州市留成34.37%，超过递增率的收入，全额留给地方，收入达不到递增率从而影响上缴的部分，由地方自有财力补足。

1994年1月1日起，全国统一实行分税制财政管理体制。通州市列入中央固定收入项目的主要是消费税，全额归中央。列入地方固定收入的项目有营业税、地方企业所得税等17个税种，除耕地占用税上缴中央30%以外，其余全额留地方。2002年，企业所得税和个人所得税实行中央地方共享，基数以内全部留地方，超2001年基数部分中央和地方按40∶60分成，2003年按50∶50比例分成，2004年以后，按60∶40比例分成。列入共享收入的项目主要是增值税，中央收入75%，地方收入25%。

为保证分税制改革顺利推行，原财政管理体制分配格局不变，实行分税制与原体制双轨并行，原体制中央补助、地方上解及有关结算事项的处理等继续执行，同时中央财政对地方实行税收返还制度，以1993年为基年，1994年以后，税收返还额在1993年基础上逐年递增，递增率按当地增值税和消费税增长率的1∶0.3系数给予增量返还，即两税收入每增长1%，中央财政对地方税收返还增长0.3%。如若当年两税收入达不到上年两税基数，则相应扣减税收返还，1994—2008年共返还通州市27.78亿元。

1994—2007年，省对市（县）财政管理体制也作出相应调整：在收入划分上，将银行、保险业就地缴纳的营业税等地方固定收入划作省级固定收入；对增值税超基数留地方的25%部分集中12.5%；对“两税”返还增量集中0.05个百分点；对部分地方固定收入税种按固定比例进行分成集中，主要有：资源税30%、印花税25%、城镇土地使用税50%、排污费10%、水资源费10%、耕地占用税60%，教育费附加和人民教育基金实行定额集中。2001年又取消省集中增值税12.5%部分，取消印花税、土地使用税等按比例分成，取消税收返还增量集中的0.05个百分点，被取消的三项上缴省部分改为定额上缴；向省集中的方式改为以2000年为基期年，核定各地地方财政收入基数和税收返还基数，比基数增长部分，省统一集中20%。2007年1月1日，实行省直管县财政体制，省与市（县）实行直接财政结算；省财政各种转移支付资金包括专项补助和专款，直接下达到市（县）。

2008年，省对市（县）实行新一轮财政管理体制。新体制以2007年为基期年，基数以内部分仍沿用老体制财力分成办法，对超过2007年基数部分作出调整：增值税增量部分省集中12.5%、县市留成12.5%，同时相应调整出口退税超基数省市负担比例，由原来的1.5∶6调整为3.75∶3.75；营业税、个人所得税、城市维护建设税、印花税、资源税、车船使用和牌照税等增量部分省不再集中，全额留地方；地方城镇土地使用税、土地增值税、房产税和契税等四税增量部分省统一集中30%，市县分成70%；除罚没收入增量仍由省集中20%之外，其他行政事业性收费、专项收入等非税收入，省不再集中，全额留给地方。2008年省集中通州市财力5.09亿元。

1993年，通州市对乡镇财政继续实行收入递增包干体制。1994—1998年，根据“分税制”财政体制，通州市对乡镇实行“核定基数、递增包干、收支挂钩、定交定补、双量考核、超奖短赔”新型财政包干体制。1999—2002年，通州市对乡镇实行分税制财政管理体制，主要内容为：界定范围、划分税种，核定收支、定交定补，递增上解、递减补助，适度集中、转移支付。2003—2007年，通州市调整和完善分税制财政管理体制：重新界定收支范围，将原市属企业相关税收下放到所属镇，仅留大富豪啤酒和关联企业作为市直管企业；收入实行增长分成；建立规范的转移支付制度和收入增长激励机制。

2008年，通州市对市镇分税制财政体制作出四大调整：调整收支范围。将城市维护建设税下放列入镇级收入范围。除土地增值税和土地契税外，镇属范围内所有税收全部属于镇级收入。将农村中小学保障性支出上划，纳入市级财政支出范畴。改革收入分配政策。超2007年基数部分收入各镇分成比例为：增值税3%、营业税25%、企业所得税5%、个人所得税10%，城市维护建设税和其他工商税及契税20%。完善财政转移支付办法。以2007年为基期年，测算各镇标准人均财力。达不到平均水平的，2008年起对差额部分实行分类补助，并列入基数。对经济发展较快、人均财力较高的镇，市财政则实行分段集中办法。当年补助镇财力2.32亿元。调整收入增长激励机制。以2007年为基期年，对东部经济欠发达的5个镇新增税收（除城市维护建设税以外）市集中的财力部分，实行60%返还奖励。对财政增收能力较弱、人均财力较低的第二类镇，按25%返还奖励。