1993年，通州市继续实行财政收入递增包干体制，全市实现财政收入2.59亿元。1994年起实行“分税制”财政管理体制，财政收入持续增长，1998年5.53亿元，2002年在苏中率先突破10亿元大关，2005年跃升20.03亿元。2008年，财政总收入达到41.61亿元，地方一般预算收入16.58亿元，均列南通六县（市）第一。2009年上半年完成财政收入25.95亿元，地方一般预算收入10.64亿元，分别比上年同期增长10.2%和8.6%。全市财政收入的增长，从1亿元（1985年）到5亿元用13年时间，从5亿元到10亿元用4年时间，从10亿元到20亿元仅用3年时间，从20亿元到40亿元也用3年时间。全市财政支出相应增长，由1993年的1.49亿元增加到2008年的32.1亿元。2001年起，通州市连续5年被省政府授予“财政收入上台阶先进单位（市县）”称号；2006年，市财政局被评为全国财政系统先进集体，是南通市财政系统首次获得的全国性表彰。