1993年—2009年6月是通州市财政、税务工作发生历史性变革重要时期。1994年起，全国统一实行分税制财政管理体制，通州市建立国家税收、地方税收两套税务机构，按税种划分为中央固定收入、地方固定收入、中央与地方共享收入。1997年起，全面推行预算外资金“收支分离”管理模式。1998年成立通州市公有资产管理委员会，国有资产步入规范化管理。1999年成立政府采购中心，在全市范围内推行政府采购。2000年，全市财政所（分局）率先在全省乡镇财政系统全面推行会计电算化工作。2001年起，市级财政按照构建公共财政管理框架要求，建立“预算编制、执行、监督”三位一体新型管理体制，对市直行政事业单位实行综合财政预算，全面推行部门预算管理改革，并在市级财政推行“收支直达”国库集中收付管理制度。2003年6月起，在市属行政事业单位全面推行会计集中核算改革。2004年，通州市在全省率先推行镇级行政事业单位收费“票款分离”改革，实行票款同行。2005年，按照国家规定，实行农村税费改革，终止沿袭2000多年历史的农业税征收。2009年1月起，在全市范围内实施增值税转型改革。1993年—2009年6月，全市财政总收入228.33亿元；财政预算内总支出159.69亿元，财政收支保持平衡。