20世纪90年代初期，银行业务开始使用电子计算机，但以单机使用为主，信息和数据处理单一、分散，科技设备所带来的好处不十分明显。90年代中期，银行电子化应用技术得到发展，以电脑网络为支撑的银行通存通兑系统逐渐普及，开始使用国际通用的PC机，柜面主要业务都实行电子化操作，并建成同城网点间的网络，储蓄存取款同城通存通兑。1996年2月，江苏省工商银行电子化现场会在通州召开。此后，市内农业银行、中国银行、建设银行系统的所有营业网点前台业务全部实行电算化管理，城区网点储蓄业务全部实现通存通兑。同年，人民银行建立卫星小站，实现“天地对接”，使行际间票据交换速度进一步加快。90年代末期，各银行加大技改投入，不断更新电子设备。1999年，市工商银行连接Notes网络，终端用户由12户发展到68户，应用范围也从最初的电子邮件拓展到日常办公、会计报表、资金划拨、证券管理和信用卡业务等多种业务。2000年，信用联社筹建小型机，2001年实现全市农村信用社系统储蓄存款通存通兑。同年，建设银行实现全省数据集中切换上线。2002年，人民银行在金沙镇各银行进行同城实时清算系统试点，2005年，在全市城乡开通南通市同城实时清算系统，由大额实时支付、小额批量支付、全国支票影像交换和外币支付4个系统组成，从而彻底解决城乡行际间结算难问题。是年末，各银行以互联网为支撑，开展在线理财、支付网上行、银证快车、电话银行等服务，办理电话转账、余额查询、银证转账、个人实盘外汇买卖、代收费用等业务，拓宽普通市民理财渠道。至2009年6月，支付系统已形成以人民银行支付清算系统为核心，各银行行内系统为基础，银行卡支付系统和其他支付系统为重要组成部分的格局，金融服务手段全面实现电子化。