1993年12月执行国务院《关于金融体制改革的决定》，人民银行开始转变职能，工作职责调整为贯彻和执行货币政策，维护辖区货币币值稳定；对金融机构实行严格监管，维护金融体系安全、有效运行。1994年开始，中国工商银行、中国农业银行、中国银行、中国建设银行逐步向商业银行转轨，市各银行商业性业务不再按服务对象的类型划分，客户可根据需要自行选择开户银行。同时对各银行逐步取消指令性限额管理，代之以资产负债比例管理。为适应经营管理模式变化，银行系统改变热衷于铺摊子、上项目，以外延扩大为主的经营增长方式，开始注重走集约化经营道路，陆续撤并一些布局不合理、效益不佳、业务量长期在低位徘徊的小网点。1993—2001年，工商银行共撤销7家储蓄所，新建4家储蓄所，搬迁2家储蓄所。1996年9月，中国农业发展银行通州市支行成立，承担农业政策性金融业务，代理财政性支农资金的拨付。同年，通州市信用合作社联合社与农业银行通州市支行分设，成为具有独立核算资格的合作金融机构，并对136个服务站进行清理、整顿、合并，保留47个业务量较大的服务站。1997年，农业银行通州市支行一次性撤销30家基层办事处，业务向中心镇办事处集中。1998—2000年，南通市信托投资公司通州办事处、农村合作基金会、金沙城市信用社经清理整顿后并入信用合作联社。2001年4月，南通市商业银行通州开发区支行成立，成为通州市首家区域性商业银行（2007年更名为江苏银行通州支行）。2003年12月，南通银监分局通州办事处成立（2007年撤销）。2008年12月，张家港农村商业银行在通州设立分支机构。2009年1月，交通银行股份有限公司通州支行成立。2009年6月底，全市银行业形成以人民银行为领导，政策性银行、股份制商业银行为主体，多种性质银行并存，商业化运作的组织体系。

1993年，各银行实行条块管理，主要负责人变更由上级行任命，报通州市委组织部备案；中层干部由所在行考察任命；一般员工通过国企调动、社会招干、大中专毕业生分配、复转军人安置等渠道录用。1994年，市工商银行、农业银行、中国银行、建设银行人员实行垂直管理。1996年进行人事制度改革，全面推行劳动合同制，从业人员重新竞聘考核上岗。对富余人员采取内退、提前退休、自谋职业措施进行分流；同时，大幅度精简内设科室，实行中层干部竞聘上岗。1999年，农业银行通州市支行开始实行年满30年工龄内退制度，当年办理内退32人，至2009年6月共办理内退、分流100人。2000年，工商银行通州市支行实行内退、提前退休、自谋职业、重新竞聘考核上岗等措施分流人员，办理内退32人，清退临时工72人，一次性买断工龄2人，至2009年6月共办理内退、分流80人。2003年，中国建设银行通州市支行实行重新竞聘上岗，分流人员，一次性买断工龄8人，至2009年6月共办理内退、分流13人。2009年1—6月，市信用合作社联合社为年满30年工龄但未达到退休年龄的49名员工办理内退手续。

银行系统员工转为合同制后，实行收入与任务、效益、贡献相挂钩的新型分配方式。2005年，建设银行通州市支行对38名工作满2年的员工进行跨机构轮岗，轮岗率达100%。同年，中国银行通州市支行实行员工竞聘上岗，5名员工、13名网点主任岗位交流。至2009年6月，全市银行系统从业人员由1993年的1975人减至1666人。

1992年起，各专业银行打破贷款业务范围严格分工的限制，对企业的固定资产贷款和流动资金贷款业务，各银行之间可以相互交叉，适当竞争。企业可以选择银行，银行也可以选择企业，但每家企业只能在1家银行开立基本结算账户。1994年开始，人民银行实行货币政策的集中管理，采取直接调控与间接调控相结合办法，逐步运用贷款限额、存款准备金、再贴现、利率、中央银行票据等货币政策工具控制货币总量、调节信贷结构。1995年在信贷业务中注意风险控制，成立资产管理中心、信贷审查委员会、财务审查委员会等内设机构，将基层贷款权逐步集中，统一管理，同时实行审贷分离，使经营决策权更趋合理。1998年1月取消对国有商业银行贷款规模限制的控制，实行“计划指导、自求平衡、比例管理、间接调控”为主要内容新的信贷管理制度。是年，全市净增贷款3.36亿元，增量增幅均超历史最高纪录。2005年对金融高风险区实行“上收信贷管理权限、严格风险责任追究、鼓励资金向上积聚”的扁平化或集约化管理，实现稳健经营的目标。是年，全市净增贷款16.4亿元。2007年对流动资金贷款实行分类管理，对部分资产质量较好的企业分季下达切块新增贷款限额；对没有下达切块新增贷款限额或切块新增贷款限额不能满足需要的企业，采取收回再贷或存量移位的办法进行管理。2009年上半年，信贷业务全面实行五级分类管理，严格贷款投向，禁止贷款进入股市。

利率改革  1993年起，通州市银行系统贯彻执行国务院《关于金融体制改革的决定》，稳步推进利率市场化改革，按照上级统一规定及时调整基准利率，商业银行存贷款利率在规定幅度内自由浮动。

1996年6月，放开银行间同业拆借利率，1997年6月放开银行间债券回购利率。1998年，改革贴现利率生成机制，贴现利率和转贴现利率在再贴现利率基础上加点生成，在不超过同期贷款利率（含浮动）前提下由商业银行自定。1999年10月，国债发行进行市场招标，实现银行间市场利率、国债和政策性金融债发行利率市场化。

1998年、1999年连续3次扩大贷款利率浮动幅度。2004年1月，再次扩大贷款利率浮动区间。商业银行、城市信用社贷款利率浮动下限为10%，上限扩大到70%，农村信用社贷款利率浮动下限为10%，上限为100%，贷款利率浮动区间不再根据企业所有制性质、规模大小分别制定。商业银行自主定价权扩大，贷款利率市场化程度提高。同时，落实放开人民币各项贷款的计、结息方式和5年期以上贷款利率的上限等其他配套措施。

2000年9月，放开外币贷款利率和300万美元（含300万）以上的大额外币存款利率；300万美元以下的小额外币存款利率仍由市人民银行统一管理。2003年7月，放开英镑、瑞士法郎和加拿大元的外币小额存款利率管理，由市商业银行自主确定。2003年11月，对美元、日元、港币、欧元小额存款利率实行上限管理，市商业银行根据国际金融市场利率变化，在不超过上限的前提下自主确定。至2009年6月，市人民银行管理的本外币利率种类有32种。

利息所得税  1999年11月起，按照国家引导居民分流储蓄资金，鼓励消费投资，调控经济，刺激经济发展的政策措施，除教育储蓄外，其他储蓄存款所生利息均开征利息所得税，税率为20%。2007年8月15日起执行国务院修改的《对储蓄存款利息所得征收个人所得税的实施办法》，利息所得税按照5%的税率征收。2008年10月9日起，储蓄存款利息所得暂免征收个人所得税。