1993年起，通州市银行系统继续认真贯彻执行国家金融政策，综合运用多种货币政策工具，保持货币信贷平稳增长，人民币存贷款较快增长，现金收支净投放增多，外汇存贷款小幅增加。至2009年6月，全市人民币各项存款余额514.87亿元，比1992年增长23.14倍；各项贷款余额240.46亿元，比1992年增长14.28倍。同时，人民银行紧密结合通州实际，严密监控信贷总量和投放节奏，引导信贷结构优化。1994年，各银行实行资产负债比例管理。1997年6月，全市实行贷款证制度，当年核发贷款证1877本。2009年上半年，全市实行贷款质量五级分类管理。至2009年6月，全市银行系统贷款综合收息率98.26%，比1993年末上升15.63个百分点；贷款不良率2.42%，比1993年末下降22.3个百分点；账面盈利2.85亿元，比1993年末增盈2.44亿元。

1993年—2009年6月，各银行逐步建立适应市场经济的竞争机制，更新服务手段，改善服务，服务窗口由封闭式向敞开式转变，服务工具由手工作业向电子化操作转变，电话银行、网上银行先后开通。1997年2月，通州银行系统开始执行中国人民银行《支付结算办法》。2005年开通南通市同城实时清算系统，城乡行际间结算难问题得到彻底解决。至2005年末，该系统实现城乡联网，企业间经济往来实现实时清算。2007年全面推开个人支票和商业承兑汇票业务，推广票据结算。2009年推进农村快通工程，畅通城乡结算渠道。

1993年起，通过金融体制改革，通州市逐步建立起相应的银行组织体系。至2009年6月，全市设有人民银行通州市支行、农业发展银行通州市支行、工商银行通州支行、农业银行通州市支行、中国银行通州支行、建设银行通州支行、江苏银行通州支行、市信用合作社联合社、邮政储蓄银行通州支行、张家港农村商业银行通州支行、交通银行通州支行。