1993年，市工商部门在集贸市场推行“摊位证、扣分卡”制度，场内固定摊位在明显处悬挂摊位证，对经营中的违法违规行为记录在扣分卡内，市场规范化管理开始步入正轨。7月，国家工商局发布《商品交易市场登记管理暂行办法》，工商部门对集贸市场实行登记注册，是年，全市70个集贸市场，依据开办条件领取“市场登记证”。（2004年6月起，取消“市场登记证”）

1993年起，继续在全市开展文明市场评比活动，当年评出省级文明市场1个、南通市级文明市场12个、通州市级文明市场18个。2006年，根据省、市文明办、工商局《关于开展星级文明诚信市场创建活动的通知》，在全市开展星级文明诚信市场创建活动。2008年，全市被评为省四、五星级文明诚信市场3个，南通市二、三星级文明诚信市场8个。

1996年，根据国家和省工商局关于市场“管办脱钩”（即“管市场”与“办市场”相分离）要求，对全市集贸市场进行集中清理，工商部门不再自办或参与联办市场，刘桥木材市场、四安农贸市场、通启桥农贸市场、兴仁路口农贸市场等4个自办市场和杨港山羊市场、九圩港木材市场、九圩港农贸市场等3个联办市场全部与工商部门脱钩。

1999年起，市工商部门改进市场监管方式，推行定人、定岗、定责市场巡查制。当年出动工商巡查人员1800人次，查处违章违法案件1332起，罚没款17万元。2001年，在集贸市场开展以整顿市场交易秩序、整顿市场购物环境、整顿经营作风，让政府满意、让消费者满意、让经营户满意为内容的“三整顿三满意”活动。至年末，出动执法人员1127人次，检查市场1755个次，查处假冒伪劣案件21起，取缔制假窝点8个，罚没款20.5万元，会同公安部门集中打击市霸、菜霸，依法拘留3名不法分子，社会满意率87.5%。2002年起，在集贸市场推行先行赔偿制度，消费者在购买商品或接受服务时，确认其合法权益受到损害，由市场主办单位先行赔偿消费者损失，全年共受理先行赔偿68件，得到上级肯定和推广。2008年，全市共受理先行赔偿174件。

2002年11月，启动实施“肉菜粮放心工程”，确定市第一集贸市场、星源农贸市场、粮油交易批发市场等为首批试点单位。2005年，全市集贸市场“肉菜粮放心工程”实现“五到位”：监管机制到位，工商与农林等11个部门保持沟通，对35个重点市场进行不间断普查和复查；“三检联动”到位，指导市场主办单位自检，支持消费者复检，适时组织法定检测机构抽检；市场与基地对接到位，市场与无公害蔬菜基地建立长期、稳定供应渠道，减少商品质量风险；索票索证到位，抓好进场商品索票索证，对不能出具检测报告的蔬菜类商品实行无遗漏检测，严禁未检商品上市销售；长效管理到位，在城区6个市场推行契约式管理模式，明确市场主办单位与经营者在“放心工程”中各自责任。市第一集贸市场被省工商局评为“肉菜粮放心工程”先进市场。2007年3月起，按照国家、省、市工商局工作部署，在全市开展“农村食品市场整顿年”活动，60个农村集贸市场列为重点整顿对象。至年末，出动执法检查人员6059人次，检查各类食品经营户3319户，依法查处食品案件99件，罚款8.39万元，取缔无照经营户11户，销毁非法上市生猪产品109公斤。同时督促指导食品经营户建立健全“两账两票、一卡一书”（进销货台账、进销货发票、食品质量信誉卡、食品质量责任书）制度和进货查验、销货承诺制度。

根据《国务院办公厅关于限制生产使用塑料购物袋的通知》要求，2008年6月1日起，在全市开展为期2个月的专项清查行动，68个集贸市场为重点检查场所，至8月1日，出动执法人员2789人次，检查经营户3749户，查出不合格塑料袋5129个，取缔无照经营户6户，并指导督促市场开办者落实第一责任人责任，建立市场内销售使用塑料购物袋管理制度。