1993起，通州市本着“政府领导，统一规划，合理布局，多方兴办，工商部门统一管理”原则，高起点规划，加大投资，加快市场建设步伐。1993年投资1142万元，新建和改建市场21个，当年竣工开业12个。至年末，全市共有集贸市场70个，其中综合集贸市场50个、工业品专业市场4个、农副产品专业市场16个。占地总面积22.95万平方米，其中有棚顶的市场12个，占地面积2.16万平方米。1996年投资2800万元，新建通州市第一集贸市场，室内面积1.15万平方米，成为苏中一流集贸市场。

1998年3月20日，一场罕见大雪使全市46个集贸市场遭到不同程度损坏，有23个市场棚顶全部倒塌，倒塌面积5.56万平方米，受损棚顶6320平方米，砸坏台板1060米，损坏营业用房1120平方米，直接财产损失635.45万元。随后，工商部门帮助市场多方筹措资金重建。11月中旬，受灾市场全部恢复交易。

2001年投资400余万元，新建三余瓜果产品、石港水产品等具有产业特色农村市场，促进农业产业结构调整和农民增收。同时，按照“优化结构、完善体系、做大做强市场”要求，对川港志浩综合市场投资150万元，建成配套工贸园和停车场。2003年，川港志浩综合市场新增室内面积4200平方米，张芝山集贸市场占地面积扩大到3280平方米。2004年对通州市第一集贸市场等4个市场进行改、扩建。10月，投资8亿元建设南通家纺城有限公司一期工程。2008年投资12.3亿元建设南通家纺城有限公司二、三期工程。

2008年1月26—29日，一场50年不遇的大雪造成全市26个市场2.94万平方米棚顶受损，其中，19个市场棚顶倒塌，倒塌面积1.27万平方米，直接财产损失387.1万元。雪灾期间，全市220名工商干部职工紧急组织人员疏散和抢险。随后，工商部门又帮助受灾市场筹集119.8万元重建。7月底，受灾市场全部恢复交易。

2009年6月底，全市共有集贸市场73个（2009年市场实行企业化登记，市场建筑面积不足1000平方米的不作为市场登记），其中，综合集贸市场59个、工业品专业市场5个、生产资料市场9个。