1993年—2001年10月，市卫生局药政科和市药品检验所负责对全市药品质量监督管理。市卫生局聘请一批兼职药品监督员和兼职药政检查员，加强对药品行业监管，逐步形成市、中心医院（卫生所）、乡镇三级药政管理网络。1997年试行乡镇卫生院对村卫生室药品目标管理责任制，确保进货渠道规范，用药安全有效。同时，对药品经营单位进行定期或不定期执法检查，1993—1996年，市卫生局查处违法案件51起，没收药品计价3684.7元，没收违法所得9691.8元，罚款1.39万元，销毁假劣药品计价1.7万元。1997年6月—2001年9月，在全市范围内集中开展医药市场专项治理活动，立案查处122起，没收销毁假劣药品计14.5万元，没收非法所得14.35万元，罚款15.05万元，全市医药市场环境得到明显净化。

2001年10月成立南通市通州药品监督管理局，卫生部门药政、药检职能划转给药监局。药监局成立后，与公安联手，严厉打击销售假劣药品、医疗器械等危及人民生命安全、严重扰乱市场秩序的违法犯罪行为。2003年，结合全市开展创建诚信药业和在农村开展药品市场专项整治活动，共查处违法案件120起，没收假劣药品、医疗器械价值55.61万元。2005年3月15日，通州药监局在市垃圾填埋场集中销毁依法没收的假药56种、劣药40种、不合格医疗器械8种及其他不符合规定的药械1100多种，总价值88.24万元。是年，共查处违法案件135起，没收假劣违法经营药品、医疗器械448种（次），价值48.69万元。2009年1—6月，药监部门继续保持打假治劣的高压态势，共出动稽查执法人员807人次，检查单位292个（次），立案52起，结案54起，涉案物品货值82.65万元，并向公安移送一起涉嫌刑事案件，有效震慑违法犯罪分子。