市内通海地区为省内延胡索、浙贝母等中药材传统产区。随着市场经济发展，中药材种植与收购，由计划种植、统购统销逐步演变为农户自主种植、自由买卖。市医药公司根据市场需要，除组织收购少部分地产药材外，大部分中药材从国内大型药材市场及产区采购，1993年购进中药材267万元，2008年购进中药材721万元。

1993年后，药品市场放开，市内医疗卫生单位自主选择购货渠道，主要向市内及周边医药公司、医药生产企业购进。1993年，全市购进西药5959万元、中成药1993万元；2008年购进西药和中成药分别增至4.14亿元和1.37亿元。

2003年8月，为规范医药采购行为，成立通州市医药器械集中招标采购工作领导小组，下设医药器械集中采购管理办公室（药管办），推行药品集中采购，各医疗单位根据需求向市药管办申报，由药管办组织集中采购。至2007年12月，全市共招标药品品种6448个，占临床用药品种81%，总采购金额1.61亿元，占市直管医院采购金额70%，共降低药品成本2414.64万元。2008年1月起暂停药品集中采购。

20世纪90年代初，医药公司药品销售以供应境内医疗单位为主，1995年以后，随着药品市场的放开，药厂代表、个体药商、药贩采取低价进货让利给医疗单位、药店的办法推销药品。2000年起，市医药公司为提高市场竞争能力，充分利用自己的购销网络，采取集中资金联购分销办法，降低药品采购成本，销售范围拓展到南通六县一市。1993年，全市销售西药7217万元、中成药2345万元、中药材349万元。2008年全市销售的西药、中成药、中药材分别增至4.96亿元、1.63亿元和1294万元。

1993年，全市零售药店仅有18个，患者购药极不方便。2001年12月1日实施药品管理法，对开办零售药店简化申办手续。市政府出台相关政策，鼓励药品连锁经营企业向乡村延伸布点，扶持规模企业做大做强，全市零售药店由2001年的49个发展到2009年6月的324个，其中275个开设在农村。零售药店年销售额也逐年增长，2001年零售药店年销售额平均在10万元左右，2008年突破50万元，2009年1—6月平均销售额34.8万元。