20世纪90年代初，药品市场逐步放开，由原来的纯计划经济向市场经济转变，医药公司、医疗单位采购渠道由原来的单一化转向多渠道采购。2003年8月，为加强对医疗机构医药器械采购行为规范管理，通州市开始推行药品集中采购，至2007年12月，全市共招标药品品种6448个，采购金额1.61亿元。2008年1月起暂停药品集中采购。2001年12月1日起，药品管理法实施，简化零售药店申办手续，全市零售药店数量迅速增加，由2001年的49个发展到2009年6月的324个。