1993年以前，境内无统一的盐政管理机构，盐业市场秩序比较混乱，一些私盐贩子进行非法倒运，仅1993年，南通盐场供销科就查获私盐、劣质食盐540吨。1993年12月，江苏省南通盐业分公司通州支公司成立，同时增挂“通州市盐务管理局”牌子，履行食盐专营和盐政管理职能。1993年—2009年6月，全市销售各类盐产品18.39万吨，其中，销售加碘盐9.1万吨；全市共查处各类盐业违法行为783起，稽获私盐1132.55吨，没收私盐551.9吨。

1998年11月，经南通市政府血吸虫病地方病防治领导小组确认，通州市达到国家颁布的碘缺乏病消除标准（GB16006-1995）。2005年11月，通州盐业支公司批发部通过江苏省盐业集团公司及南通盐业有限公司对食盐批发企业进行的AA级达标验收。2006年8月，通州盐业支公司由江苏省盐业集团南通有限公司全资收购，改制重组南通市江州盐业有限公司。2008年10月31日，公司以265分（总分270分）顺利通过国家食盐批发AAA级企业达标验收。