1993年，市烟草公司卷烟购进除执行计划分配外，从云南、贵州等地自行组织计划外有效货源，共购进卷烟1.66万箱，主要品牌有“云烟”“红塔山”“石林”“贵烟”“黄果树”等。1994年4月设立通州市昆烟专店，进一步搞活流通市场。1996年，市烟草公司与淮阴卷烟厂联合开发、联产联销的“通”牌卷烟正式投放市场。2002年，国家烟草专卖局对卷烟牌号进行整合，通烟牌号撤销，卷烟市场中名优烟占主导地位。2008年南通全区卷烟实行“一库制”运作模式，各营销部不再购进卷烟，由南通统一调拨配送。

1993年，市内卷烟销售实行委托各镇供销社或商业公司转批的模式经营。市烟草公司在全市选择23个基层供销社和平潮、石港、三余3个商业公司作为卷烟经营委托转批单位，对委托转批单位供货采用自选货源、多品种组合供应，全年完成销量1.94万箱，实现利税285万元。1996年“通”牌卷烟由于适销对路，当年销售2600箱。1998年，为进一步加速农村卷烟管销两个网络建设进程，先后成立南市、金叶、佳联、平潮、二甲、东社、三余、二窎、十总、石港、骑岸11个批发部，原卷烟委批单位和代理商不再承担卷烟批发业务，而由批发部取而代之。2001年，根据省烟草局优化网点布局指示精神，先后撤销二窎、南市、金叶和佳联批发部，成立城区配送中心。2003年撤销其余7个批发部，设立1个客户服务中心、1个物流配送中心和三余、平潮2个客户服务部。同年，全市卷烟销售实行“电话订货、电子结算、集中配送”，以定时统一电话订货替代上门访销，以快速安全的电子结算替代上门收款，以集中大配送替代各自分散送货，当年实现销量2.2万箱。2008年，全市销售卷烟3.45万箱，销售额5.25亿元，实现利税1.63亿元，分别是1993年的1.8倍、7.3倍和57.3倍。